从1938年开始，中国驻奥地利领事馆给犹太人大量发放签证的事情越传越广，也传到了何凤山的他顶头上司，中国驻德国大使陈介的耳朵中。当时蒋介石还从德国购买武器，任用德国军事顾问，蒋纬国也在德国受训。陈介为了保住自己的官位，立刻致电何凤山，要求他停止发放签证。

没想到何凤山根本不吃他那一套，当时“外交部”指令对犹太人采取“开放政策”，陈介却命令何凤山不用管“外交部”的指令，只需要听他的命令就行。

何凤山当然不会听从陈介的命令，依旧执行他的“开放政策”，继续给犹太人颁发离开奥地利的签证。陈介对于何凤山的公然抗命十分不满，派人前往维也纳，搜寻何凤山非法贩卖签证的“证据”，结果这位特派员一无所获。

虽然陈介没能以“贪污”的罪名给何凤山治罪，但外交部还是对何凤山作了记过处分。

何凤山能够顶住上司的压力，却没能逃过希特勒当局的毒手。在他当上总领事还不到一年，就被希特勒当局以总领事馆租用犹太人房子为名，将房子没收了。何凤山又向国民党政府申请搬迁费，却被国民党当局以没钱为由拒绝。

无奈之下，何凤山自掏腰包，将总领馆搬到了一处小房子中，继续坚持给犹太人颁发签证。

1940年，国民党当局将何凤山调离维也纳。在担任总领事的两年时间中，何凤山为犹太人颁发了多少签证，一直是一个未知数。从后来幸存者手中的签证号码考证，何凤山到维也纳的第五个月，已经发出了1900多份签证。

离开维也纳之后的何凤山，又历任驻埃及、驻土耳其等国家大使，直到1973年退休。退休之后的何凤山定居美国，从来没有去过台湾。

据他的女儿何曼礼介绍，何凤山和台湾方面的关系并不好，台湾当局因他有一笔200美元的账找不到单据，坚称他有经济问题，拒绝为他发放退休金。

晚年的何凤山一直郁郁寡欢，很少提到自己的这一段经历，甚至在自己的回忆录中，也仅用了寥寥数百字来记录。因此何凤山当年的义举，被埋没在历史的长河中，并未引起公众的注意。

据何曼礼回忆，父亲生前关于维也纳的经历，讲得最多的就是两件事，一件是希特勒进维也纳城时，他对于市民夹道欢迎的一幕十分厌恶；另一件则是“水晶之夜”事件，他目睹的那一幕幕惨剧。

由于一直生活在国外，何凤山担心孩子们忘了中文，严格规定在家必须说中文。而且何曼礼还因为小时候不爱吃豆腐，被父亲一顿痛骂：

  • “你是中国人，怎么能不爱吃豆腐呢？”

1999年10月，温哥华举办“犹太人在上海”主题图片史料展，何凤山的事迹被公之于众。此举立刻引起了世界媒体的关注，以色列政府经过近2年的调查，宣布何凤山为解救犹太人的义士，并授予他“国际义人”的称号。

2007年，何凤山的家乡益阳举行了隆重的墓地落成仪式，何凤山的骨灰在女儿的护送下，终于安眠在生他养他的家乡。在何凤山诞辰120周年之际，他的女儿何曼礼撰文回忆自己的父亲，其中有这样的一段话：

  • “经常有人问我，一个中国人为什么会去拯救其他人都不愿意帮助的犹太人，我的回答是，如果你认识我父亲，你就不会问这个问题……父亲被称为‘中国辛德勒’，其实我觉得这个标签有些讽刺，并不十分贴切，除了拯救犹太人之外，先父和辛德勒没有任何共同之处……我认为用‘20世纪的诸葛亮’来描述他是最合适的……作为一名外交官，父亲手无寸铁也没有千军万马，在整个外交职业生涯中，他必须依靠自己的智慧和战略能力……”