从复杂组织中获取空间分辨组学数据的方法使用具有低至亚微米特征的条形码 DNA 阵列来实现单细胞分辨率。然而，制造此类阵列（随机组装的珠子、DNA 纳米球或簇）需要对每个阵列中的条形码进行排序，从而限制了成本效益和吞吐量。近日，华盛顿大学生物化学系科研人员描述了一种可扩展性极强的冲压方法，用于制造 polony 凝胶，即带有独特条形码的 ~1 微米克隆 DNA 簇阵列。通过启用条形码图案凝胶的可重复酶促复制，与依赖于测序的阵列制造相比，这种方法将成本降低了至少 35 倍，时间减少到大约 7 小时。凝胶冲压是用一个简单的机械臂和现成的试剂实现的。该团队利用 polony 凝胶的分辨率和 RNA 捕获效率开发了 Pixel-seq，一种单细胞空间转录组学分析，并将其应用于绘制小鼠臂旁核的图谱，并分析了神经性疼痛调节转录组和神经后细胞间通讯的变化结扎。

文章要点：

1) 研究开发的方法可以通过实现条形码图案化凝胶的可重复酶催化复制，与依赖于序列的传统阵列制造相比，该方法将成本降低了至少35倍，时间缩短至约7小时；

2) 该研究利用polony凝胶的分辨率和RNA捕获效率开发了Pixel-seq方法，作为一种新的单细胞空间转录组分析，并将其应用于绘制小鼠臂旁核，分析神经结扎后神经性疼痛调节转录组和细胞间通讯的变化。

相关论文以题为Polony gels enable amplifiable DNA stamping and spatial transcriptomics of chronic pain发表在《Cell》上。通讯作者是华盛顿大学Liangcai Gu教授。

参考资料：

DOI: 10.1016/j.cell.2022.10.021