在效益差、养活不了自己的医院，在编人员是“铁饭碗”，工资有财政兜底保障，聘用人员只能拿效益工资，效益不好工资就低。在经营情况良好、效益高的医院，在编不在编，没有什么区别，专业技术能力强才是硬道理，医院收入高，能养活自己，津贴奖金也多，专业技能高的人，就领得多，在编专业能力不强的，领的也没有能力强的聘用人员高。
公立医院是事业单位，取消编制使用后，也保留了事业属性，在编人员或者是原来在编人员，都可以执行机关事业单位工作人员养老保险制度，非在编的聘用人员，就只能走企业员工养老保险制度了，两者补贴的额度不同，尤其是机关事业人员还有“视同缴费年限”，聘用人员没有，退休后领取的养老金差别还是很大的。
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在职称评定方面，在编人员和聘用人员没有多大区别。但是，在提拔晋升方面，院长、副院长、中层干部等，还是以在编人员为主。非在编的聘用人员，一是资历浅，二是没有机会，除非是能力强，通过公开选拔，在管理岗位工作，甚至当院长都有可能。如果没有公开选拔的机会，就只能是专业技术人员了。
公立医院改革，取消编制使用，实行全员聘用制管理，将来在编不在编，就没有什么区别了。再加上2024年医保双轨制并轨，实行缴得多领得多，在编非在编，就更没有什么分别了。
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