正常而言，军分区所处的行政区划和其隶属关系一定是保持一致的，例如宁德市是福建省的下辖地级市，宁德军分区就必然隶属福建省军区；金华市是位于浙江中部的地级市，那么金华军分区也就自然服从浙江省军区的领导管理。但对于地大物博的中国来说，凡事都有例外：如阿里军分区在行政区划上隶属西藏自治区，但在军事上却直属新疆军区管辖，具体由新疆军区下属的南疆军区（正军级）领导，这种情况是极为特殊的。阿里军分区成立于1968年4月1日，目前为正师级建制，防区包括“阿里地区全境以及中印、中尼边境”，配属有大量边防部队，并在本轮军改中随新疆军区一起转隶陆军。

而造成阿里军分区所处行政区划和其隶属关系不一致的原因，主要有两点：地理因素的限制、后勤保障的需要。

1、阿里地区位于西藏自治区的最西边、青藏高原的北部，距离西藏首府拉萨的直线距离长达1100多公里，辖区内海拔高、地势陡峭、地形复杂，哪怕藏民都将阿里称为“藏西秘境，天上阿里”。如此一来，恶劣的地理条件自然限制了阿里地区同西藏腹地的陆上交通联系，更何况哪怕是已经修好的道路，都会因为雪灾、山体滑坡、洪水等自然灾害而频繁中断。

2、阿里地区处于西藏自治区的西部，是西藏面积第二大的地级行政区划，平均海拔在4500米以上，被称为“世界屋脊之屋脊”、“生命之禁区”，物质资料十分匮乏。从交通条件和物资供应上看，阿里虽然是西藏的组成部分，但却和新疆距离最近、连接新疆的交通设施也最完善，各种物资、人员、装备可以源源不断的从新疆运往阿里，既省时又便捷。所以，从有利于阿里地区边防建设的实际情况出发，阿里的地方行政工作由西藏自治区政府自己领导，但军事/防务工作仍由新疆军区指挥管辖。

自成立以来，阿里军分区始终戍卫在中印边境第一线，与印军的冲突、对峙可谓是数不胜数，并在战斗中涌现出了许多战斗英雄和模范团体，战力强大。如大名鼎鼎的“西海舰队”（即班公湖船艇部队）、英雄团长祁发宝所在的某“钢铁边防团”、戍边烈士“陈红军、陈祥榕、肖思远、王焯冉”、“给亡妻下跪感动国人”的“昆仑卫士”张良善等等。

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