1929年年初，中山陵二期主体部分竣工。同年6月初，在遗孀宋庆龄、长子孙科等人的护送下，孙中山的灵柩被运至中山陵隆重下葬。1931年，中山陵全体工程落成，总占地面积达8万多平米，前后耗时5年，工程量相当巨大。然而，中山陵总造价共计花费多少，这笔费用又是谁承担的呢？

1924年12月，孙中山由天津抵达北京，早在来京之前，孙中山便已身体不适。在北京经过短暂休养后，孙中山身体状况越发不佳，时常腹痛难忍，后期开始已无法独自正常站立。

起初，孙中山身边的保健医在检查后给出的医嘱为“过度劳累导致的消化不良，按时吃药加静养便会康复。然而，在之后的几天时间里，先生的情况不仅未能好转，反而愈加严重。这种情况不仅宋庆龄等家人十分担忧，就连时任中央执行委员的汪精卫等人也十分担心。

夫人宋庆龄与孙科向先生提议去医院就医，却遭到了他的反对，他觉得自己并无大碍，身边又有保健医，无需去医院。可是，眼见孙中山身体一天不如一天，众人几经商议后决定强行送医。

1925年1月26日，孙中山在众人的陪同下来到了北京协和医院。院领导和几位顶级专家经过会诊后决定实施腹部外科手术，当日下午6时许，孙中山躺在手术车上被推进了手术室。宋庆龄等人守在手术室外焦急地等待着。

手术室的大门紧闭着，没人知道里面的情况，在外等待的人感觉每一分钟都过的那么的漫长。宋庆龄在手术室外一遍又一遍的祈祷着，就在不知她祈祷到第几次的时候，手术室的大门被打开了，主刀医生和几位专家从里面缓缓走了出来，宋庆龄等人见状赶紧围了上去，然而，仅看几位专家的脸色便知，这次手术的情况并不乐观。

医生表示，孙先生的病情远比会诊时严重得多，当他们打开先生的腹腔后发现，内脏病变极其严重，肝脏硬化部分已超三分之二，化脓严重，且腹腔内多处组织粘连，以当时的医疗水平，基本上是无法救治的，主刀医生决定先吸出大部分脓液，再切下一部分病变组织送去做病理，而后进行常规治疗，以此来缓解病痛带来的折磨。

半个小时后，孙中山被医护人员送回到自己的特护病房中，几近凌晨时，孙中山才从麻醉中苏醒过来，而后，他缓缓睁开眼睛，环视了一圈病房，通过这些人的颜色和表情，他推断出了自己的病情。

宋庆龄一直守在孙中山的病床前，看到先生悠悠转醒，她双手紧握着先生的一只手，泪眼婆娑，满是关心的问道：“你醒啦？要不要喝点水？你刚做完手术，暂时还不能吃东西。”

因为口鼻上戴着氧气罩不方便说话，孙中山只能轻轻摇了摇头表示拒绝。

当时的医疗水平和科技水平不是很发达，孙中山术后的病理一直迟迟未出，医生们也只能依据手术时会诊的情况来进行常规治疗，只可惜，效果微乎其微。

孙中山早年学医，因为亲眼目睹了中华民族的危难，才毅然决然弃医从政的。对于自己的身体状况，他心里其实还是比较清楚的，之前不愿意来医院，是因为他还有太多的事情没有做，一旦进入医院，也许就再也没有机会去完成这些事情，现如今，在看到医生已经亲朋的反应之后，他更加确定了自己的实际情况。

1925年3月11日，弥留之际的孙中山忽然清醒了过来，他将妻儿以及汪精卫等人叫至跟前，虚弱地说道：“待我死之后，请将我葬在南京紫金山，当年临时国民政府成立于此，吾辈乃至后辈不可忘！”

3月12日，在经过两个月的治疗无效后，孙中山病逝，终年59岁。

根据孙中山生前遗愿，国民党政府决定在紫金山选址建陵，孙中山先生的遗体经过防腐处理后，暂时停柩于香山碧云寺中，待陵寝建成后，再运送于南京安葬。

孙中山逝世一个月后，宋庆龄、孙科夫妇在国民政府要员陪同下由上海抵达南京。在经过近两日的现场勘查走访之后，陵寝地址终于选定。

选址成功后，接下来就进入了照相、测量洽谈圈地等事宜。与此同时，国民政府治丧委员会也没闲着，他们开始在全国各地发通告征集陵寝建筑设计师。

在经过4个月的对比之后，陵寝的设计稿和建造师们终于敲定下来。1926年1月15日，陵寝工程正式破土动工，1929年1月初，陵寝二期工程竣工，至此，陵寝主体部分皆已完成，后期工程需待孙中山先生灵柩奉安才可进行。

同年5月26日，孙中山先生灵柩由北京出发，在家人以及国民政府政要的护送下运往南京。

1929年6月1日，国父孙中山奉安仪式在紫金山中山陵内隆重举行，当日12时正，奉安完毕。同年8月，陵寝三期工程开工，1931年年底，三期工程竣工，至此陵寝全部工程就此完工。

据相关史料记载，中山陵总占地面积为800余亩，三期工程总造价高达1273640两白银，一期工程费用大部分来自于广东国民政府拨款，后两期工程款则来自于后期成立的南京国民政府，还有一部分则来自于民间爱国商人的无偿捐赠。