以下为个人观点,仅供参考。
《三体》的结局是一个开放性结局,既没有说宇宙重启成功也没有说宇宙重启失败,需要读者根据自己的想法去定义。在三体故事里,故事结局的时间线也是宇宙生命最后的时间线。

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各个宇宙文明为了躲避宇宙毁灭都创造了自己的小宇宙,这个小宇宙其实就是另一个独立空间。大量小宇宙偷走了宇宙的质量,导致宇宙质量低于临界值无法重启。才有了超级文明号召每个文明放弃小宇宙,让宇宙能够重启顺利进行的事件。在书中并没有说明宇宙重启后宇宙中的文明是否还能存在,但根据故事里的剧情发展来看,宇宙重启大概就等于格式化一样会抹除所有生命。

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程心在放弃小宇宙时仍然保留了5公斤物质,希望宇宙重启后还能存在并被新的文明发现,为他们证明人类文明曾经存在过。但我们也不知道这5公斤物质是否会影响宇宙重启。不过根据书中的内容来看,这点质量可能并不影响宇宙重启。归零者组织的意思很简单,小宇宙偷走了宇宙质量导致宇宙重启需要的质量低于了临界值,临界值的意思就是一个重启标准而不是说需要原始宇宙的全部质量。这就说明并非需要放弃全部小宇宙,只需要归还质量后,宇宙高于宇宙重启的临界值就可以了。

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从这里我们也能猜一猜,归零者之所以能够重启宇宙有很大可能他们已经多次重启宇宙,而且每次都能保留自己的文明。也许归零者已经保留好了文明最低所需质量,其他文明大家都挤一挤,凑一凑就够了。所以程心保留的那5公斤物资可以忽略不计。不过为什么他们会放弃躲在小宇宙呢?我觉得这是程心对自己的所作所为的一次反省,在三体故事中程心犯的错误太多了,圣母心导致了地球沦陷,禁止建造超光速飞船也葬送了人类最后的希望。而这一次关乎到整个宇宙命运时她放弃了自己的生存希望就像是在赎罪。

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不过根据作者书中的内容,他们应该是平安过渡到了新宇宙的形成。书中的一个细节是程心在小宇宙写了一本叫《时间之外的往事》,如果它们都被格式化了,那么这本书早就毁灭并不会流传下去。所以宇宙应该是重启成功了,而他们却作为地球最后的人类活了下来。