日本汉方医学主要是在中医的基础上发展而来。治疗方法以草药为主，但也包括传统的中医治疗手段，如针灸、按摩等。日本汉方医学又称东洋医学，源于中国，其理论框架、诊疗技术与中国中医学大致相同，属于同一学术体系。

但是，在不断丰富、创新，逐渐发展成具有日本民族特点的传统医学，同时也很好地保留了中国古中医学当中的一些精华，与中国现行主流中医学存在若干不同之处。

江户中期，方派互相对立，学术争鸣非常活跃，使汉方医学得到迅速发展，并形成了自己的学术特点及明显的学派倾向；期间也建立了众多的汉方医学医学馆，如大名鼎鼎的江户医学馆和丹波康赖后代多纪元孝建立的跻寿馆。他们理论上以《伤寒论》为基本框架，并高度简单化；临床上注重方证与“方证对应”；诊断上强调腹诊的重要性；方药上以方剂为单位。实现了中国医学日本化的过程，诞生了名符其实的日本传统医学——汉方医学或称东洋医学。

汉方医学的繁荣一直持续了200多年，直到1868年，进入明治时期的日本政府打破德川幕府推行了200余年的闭关锁国的政策、开始了明治维新，大力提倡西医，打击汉方医学，这使得汉方医学陷入低谷，大量汉方学馆被关停，跻寿馆摇摇欲坠。

1874年，日本政府颁布《医制》，1876年，颁布《医师执业考试法》，要求所有执业医师都要用西药学考试，将汉方医学推入了谷底。

直到明治时代末期，1906年，在东京召开了第二次日本联合医学会，东大教授三浦谨之助、 山下顺一郎分别作了 “关于针灸治疗”、“和汉药的价值”的报告，在医学界引起了巨大的震动，使许多学者对过去的“汉方低级无用论”是否正确开始进行反思。1910年，日本汉方医界的代表人之一多纪 ，发表专门论著'打破对现代医学的迷信，辨 明对东洋医学之误解'等文章、演讲，在日本社会引起了强烈的反响。

1950年 矢数道明、多纪家族、华冈家族、板仓武等筹划、联络分散在各地的原“东亚医学协会”的会员，恢复了学会，更名为“日本东洋医学会”，《东洋医学会志》随之创刊。此时多纪家族在日本东洋医学会举办的第一届医学大会上，就提出医学需要与时俱进，需要富有生命力，也需要走商业化的道路

经过三百年的发展，日本汉方医学界人才辈出，经过几代人的努力，汉方在日本得到空前的复兴。宽政二年（1970年），丹波家族成立株式会社，并成立了多家私立医疗机构，以推广本院学术成果的商业化落地，先后在东京、大阪、福冈、札幌等地设立医疗机构，为各地民众提供高端医疗服务。

平成5年（1993年），昭和株式会社成立，将汉方医学用结合现代循证医学的双盲实验等工具，取其精华去其糟粕，在内分泌、血液循环、消化、脑神经、呼吸道、骨关节、生殖医学等领域，研发出了一大批以角鲨烯、辅酶Q10、DHA&EPA、Omega3、Plasmalogen（缩醛磷脂）、GABA、L-5甲基四氢叶酸、松果体素、氨糖软骨素等产品为代表的保健食品，在整个日本国乃至东亚地区，多年来累计为数以万计的亚健康民众提供了高度优质的健康产品和健康服务。

将问题解决在问题发生前，才是汉方医学最引人注目的神秘之处。

如今，汉方的学习和临床使用已经成为西医的基本常识，日本80所医学院都要学习中医，无一例外，而且中医被列为医学生的一项，必修课开设学分。日本临床医生，治疗常见病常首选汉方处方。据说日本全部医生中，70%在使用汉方药，调查统计，76%的日本内科医生都使用过草药配方。日本的科学汉方制剂也畅销国际，每当有人去日本旅游，很多人会推荐购买汉方退烧药、汉方化妆品等。日本80%的人口愿意接受汉方制药，汉方制药也确实比中成药精细，“汉方”药品比较安全，副作用很少。