1976年10月6日，华国锋雷霆出击，在怀仁堂陆续抓捕了王洪文、张春桥以及姚文元，同时，汪东兴还安排张耀祠带队前往春藕斋，抓捕江青。值得一提的是，张耀祠在抓捕江青之前，首先与李连庆前往毛远新的住处，抓捕了毛远新，并向他宣布中央对他保护审查的消息。

毛远新当时担任了辽宁省革委会副主任以及沈阳军区政委等职务，虽然毛远新是革委会副主任，但当时担任辽宁省革委会主任的曾绍山基本上都听毛远新的，这是因为毛远新还有另一层身份：他是烈士毛泽民的儿子，也是毛主席的亲侄子。

新中国成立后不久，毛远新跟随母亲前往北京拜访伯父，这次拜访之后，毛远新就留在了北京，在北京接受了小学与中学教育，中学毕业后，毛远新被保送到清华大学。毛远新把自己保送清华的消息告诉毛主席后，毛主席告诉他这是保送的，言外之意就是毛远新不是靠自己本事考进去的，这让毛远新非常不服气，在清华大学念了一个学期后，他就转学到哈军工，进入哈军工的导弹工程系学习，与陈再道的儿子陈东平是上下铺。

从哈军工毕业后，毛远新被分配到空军部队，成为高射炮兵的一名普通战士。1966年，十年特殊时期开始，各地红卫兵纷纷站出来造反，毛远新也返回了哈军工，因为他的特殊身份，毛远新成为哈军工“红色造反团”的头目，不久后，他又组建了规模更大的“黑龙江红色造反革命委员会”，以造反派的身份投入到那场特殊的运动中。

伴随着十年特殊时期的进行，毛远新也逐渐身居高位，辽宁省革委会成立后，毛远新被结合进入革委会，成为省革委会副主任，官至副省级。1974年，在江青的支持下，毛远新被任命为沈阳军区政委，成为大军区正职干部。那段时期，因为特殊的身份，毛远新算是实际主持辽宁省的全面工作，他虽然立下过功劳，比如指挥了著名的海城避震，但也犯下了错误，比如1975年诬陷邓公“右倾翻案”。

1976年10月6日，毛远新被审查，此后就被关押起来。因为毛远新与“四人帮”走得很近，所以专案组也开始对他进行审查。当时的很多审查还是沿用了十年特殊时期的那一套审查策略，专案组人员也对毛远新大声呵斥，毛远新不习惯这种审查方式，他拒不配合，而且采取硬顶的态度，在审问过程中一言不发。

毛远新一言不发，专案组的人员就无法得到结果，这也使得审查陷入僵局。在这之后，有人提出对毛远新改变审查策略，对他采用“探讨与说理”的方法。同时，在审查过程中坚持实事求是，罪行不强加于人的原则，耐心听取毛远新的意见。双方有了不同观点后，审查人员也不再随意斥责毛远新，而是给双方一个冷静的时间，把问题留到下次审查。

自从改变审查策略后，毛远新非常配合专案组审查，积极交代自己的问题。经过专案组一段时间耐心讲解与审查之后 ，毛远新终于认识到那场特殊运动的错误，他曾心悦诚服地说：“我完全错了，彻底错了。（那场运动）使广大干部、群众受害遭殃，使党和国家遭受到严重的破坏和损失。”

1986年，毛远新被判处有期徒刑17年，刑期自1976年开始计算，1989年，毛远新保外就医，1993年，毛远新刑满释放，此后他被安置在上海，晚年主要生活在上海，过着平淡的生活。