元至正十六年（1356 年），红巾军韩宋政权将领朱元璋攻克集庆（今江苏南京市），改名应天，先后灭陈友谅、张士诚，迫降方国珍，并北伐中原。
明洪武元年（1368 年），朱元璋即皇帝位于应天，称京师，建国号为明。同年派军北伐，攻克元大都，元顺帝北走。
明改元大都路为北平府，以北宋故都汴梁为北京，金陵为南京，称京师。次年，朱元璋以出生地临濠府为中都。后改临濠府为中立府，又改称凤阳府。
洪武八年（1375 年），朱元璋罢中都建设。洪武十一年（1378年），罢北京汴梁仍为开封府。朱元璋称帝后，明师次第平定山西、陕西、四川，至洪武十四年（1381 年）平定云南，实现全国统一。
明太祖朱元璋（1328—1398年），1368—1398年在位，年号洪武，计31年，终年71岁。葬于明孝陵。
建文元年（1399 年），燕王朱棣起靖难之师自北平南下。三年后攻占京师金陵夺位。
明惠帝朱允炆（1377—？），1398年即位，在位4年，年号建文。靖难之役后，不知所终。
永乐元年（1403 年），明成祖朱棣以北平为北京。永乐七年（1409 年），改北平府为顺天府。同年，在东北置奴儿干都司，管辖黑龙江、精奇里江（今俄罗斯境内结雅河）、乌苏里江、松花江、萨哈林岛（库页岛）等。
永乐十八年（1420 年），明定都北京，以北京为京师，改京师金陵为南京。明成祖通过五次北伐，使明朝疆域达到极盛，东北抵日本海、鄂霍次克海、乌地河流域，西北达新疆哈密，西南有云南、西藏，东、南抵海，及海外诸岛。
明成祖朱棣（1360—1424年），太祖第四子，1402年夺位成功，次年改年号为永乐。在位22年。死后，葬于长陵，庙号明太宗。1538年，明世宗改其庙号为明成祖，史称永乐帝。
洪熙元年（1425 年），明仁宗欲还都南京，未行而崩，京师顺天府和南京应天府的两都地位至此得以巩固。
明仁宗朱高炽（1378—1425年），1424—1425年在位，计1年。年号洪熙。终年48岁，葬于献陵。
正德十六年（1521 年），明世宗以兴王世子身份即位。嘉靖十年（1531 年），明世宗升藩府安陆州为承天府，府治钟祥县（今湖北钟祥市），与京师顺天府、南京应天府齐名。
嘉靖十八年（1539 年），于承天府置兴都留守司，成为明朝陪都。至此明朝拥有四都，即京师顺天府、南京应天府、中都凤阳府和兴都承天府。
明世宗朱厚熜（1507—1566年），1521—1566年在位，计45年。年号嘉靖。终年60岁，葬于永陵。
崇祯十七年（1644 年），李自成大顺军攻破北京，明思宗自缢，明朝灭亡，共历12 世16 帝277 年。
明思宗朱由检（1611—1644年），1627年即位，在位17年。年号崇祯。终年34岁，葬于思陵。
明亡后清军入主中原，明朝宗室相继在南方建立抵抗清朝统治的政权，通称南明。各政权之间互不统属，也无传承关系，还经常为争夺正统地位而互相攻战。最终被清朝次第剿灭。
南明称帝的政权主要有：
弘光帝福王朱由崧政权（1644—1645年），都南京应天府；
隆武帝唐王朱聿键政权（1645—1646 年），都天兴府（今福建福州市）；
绍武帝唐王朱聿政权（1646 年），都广州；
永历帝桂王朱由榔政权（1646—1661 年），历都肇庆府（1646—1647年，1648—1650 年），奉天府（1647 年，今湖南武冈市），南宁府（1647 年，1651—1652 年），安龙府（1652—1656 年，今贵州安龙县），滇都（1656—1659 年，今云南昆明市），此后流亡缅甸；
韩王朱本铉定武政权（1646—1663 年），在农民军拥戴下据守于鄂西群山之中。
南明称监国的政权主要有：
鲁王朱以海监国政权（1646—1653 年），依次据绍兴、福宁州（今福建霞浦县）、舟山；
伪太子王之明监国政权（1645 年），据南京；
潞王朱常淓监国政权（1645 年），据杭州；
靖江王朱亨嘉监国政权（1645 年），据桂林；
益王朱慈炲监国政权（1645 年），据抚州；
益阳王朱术雅监国政权（1646 年），据龙游；
郧西王朱由榛监国政权（1647 年），据揭阳；
淮王朱常清监国政权（1648—1649 年），据南澳；
楚王朱容藩监国政权（1649—1650 年），依次据大定府（今重庆忠县）、天子城（今重庆奉节县）；
宁靖王朱术桂监国政权（1662—1683 年），即明郑政权，据承天府（今台湾台南市），称东都明京，后改为东宁府。
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