南京和杭州的经济发展历史和现状都有所不同，这也导致了两个城市产业结构的差异。南京在历史上曾是中国的首都之一，自然而然地吸引了大量国企和政府机构的落户。而在改革开放后，南京在传统产业上积极发展，如机械、电子、化工等，这些产业通常需要大型企业和国企的支持。因此，国企在南京经济中的比重较大。

相比之下，杭州在改革开放初期就开始大力推动市场经济的发展，尤其是互联网产业。杭州拥有良好的创业环境和创新氛围，吸引了大量的互联网企业和创新型企业。互联网企业通常需要轻资产、高效运营，不需要太多的大型固定资产和政府支持，因此私营企业在杭州经济中的比重较大。

此外，两个城市的地理位置和发展策略也有所不同。南京处于江苏省的中心地带，是连接苏北和苏南的重要枢纽，南京的发展重点也一直放在了连接苏中、苏南、苏北地区。而杭州则是浙江省的重要城市，地处长江三角洲经济区，是连接上海和南京的重要城市。因此，杭州的发展重点放在了连接长三角地区，建设互联网和高科技中心，与南京的发展方向有所不同。

综上所述，南京和杭州的产业结构和发展策略有所不同，这也决定了两个城市企业类型和数量的不同。南京的国企比较多，而杭州的互联网企业比较多。