虽然自萧道成建立南齐以来，和北魏的大大小小战事基本就没停过。可萧道成并没有因此放缓针对刘宋末年一些乱象的整改。
历朝历代，人口都是一个王朝强盛的根基。可由于刘宋末年，刘家宗室们忙着内斗，导致政务废弛，法纪紊乱，连最基本的田簿户籍都可以错误百出。作为皇帝的萧道成想了解自己有多少子民都难以做到，深感忧虑的他便决心着手解决这个问题，为此他找来了黄门郎虞玩之等人对户籍问题重新核查审定，并向众人寻求切实解决的方法。
虞玩之认为，自从刘宋刘骏晚年开始，关于户籍弄虚作假的行为就日益严重。但在此之前的元嘉年间，相关资料还是可靠正确的，想要使户籍得到整顿和纠正偏失，应当以元嘉二十七年的户籍为基准，重新制订明确的法令。如果出现谎报隐瞒，当地州县官吏也应该与违法者一同被治罪。萧道成对此颇为赞赏，下诏按照他说的去做。
考虑到和北魏作战时，南齐境内各部落蛮人相当不老实，萧道成决定新增一个行政区域来解决这个问题。他下令从荆州与扬州两地分出一部分另设立巴州，任命三巴校尉明慧昭为巴州刺史，兼任巴东太守。自此，南齐境内的州由22个增加到了23个。
萧道成刚登基那会，重新设立了被刘骏废除的南蛮校尉一职。但与东晋、刘宋时期荆州刺史一般不兼任南蛮校尉不同，在萧道成次子、豫章王萧嶷担任荆、湘两州刺史时却兼任了这个职位。考虑到当时的大环境和萧嶷的身份，此举倒也可以理解。可等到萧嶷离任时，萧道成准备让侍中王奂接任两州刺史时再兼任南蛮校尉。但在王奂再三推辞和反对下，萧道成终于再次取消了南蛮校尉的建置。
萧道成的变革可不局限于这些大的方面，甚至连各地的囚犯都受到了福泽。当时各郡县的监狱有着用有毒的汤药杀害生病的罪囚的传统做法，他们名义上说是要救活病人，实际上却是在制造冤狱，制造冤情。
针对这一问题，丹阳尹王僧虔便向萧道成建议，如果囚犯真病了，不能由当地官员擅自定夺，而是一定要先向刺史禀告。刺史再派主管刑狱的官员会同医生一起前去诊断验查。对于那些家住僻远各县的罪囚，还得要让家人前来探望，之后才能进行处方医治。对此萧道成也是深表赞同，下令照办。
要是按照这个节奏发展下去，南齐走向正轨，国力恢复无疑是早晚的事。然而意外出现了，建元四年（公元482年，北魏太和六年）二月，萧道成的身体状况出现了问题，病情越发严重。到了三月庚申日（初六），自知命不久矣的萧道成召见司徒褚渊和尚书左仆射王俭接受遗诏，命他们辅佐太子萧赜。两天后萧道成在临光殿驾崩，享年五十六岁。
没有了萧道成，南齐又会走向何方呢？
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