根据中共中央1952年10月23日《关于整顿新疆财
经工作的指示》和中央军委批准《关于驻新人民解放军整编为国防部队、农业和建筑工程部队的整编方案》，规定国防部队4万人，编1个二级军区（新疆军区），1个三级军区（南疆军区），第二十二兵团部，第五军军部，10个军分区（伊犁军分区由第五军军部兼），1个国防步兵师，4 个独立骑兵团，1个公安总队，其余部队一律就地集体转业，参加生产建设。
首届党代会
1953年1月3日，第二军党委召开扩大会议，传达了新疆军区党委扩大会议精神和中央军委关于整编的指示，初步确定了整编方案，拟定了整编计划和步骤，成立了整编委员会。经上级批准，整编如下：
第二军兼南疆军区司令部、政治部、干部部、财务部及直属机构，整编为南疆军区司令部、政治部、干部部、后方勤务部及直属机构，驻疏勒县。
第四师对印还击作战
第四师师部整编为国防军步兵第四师师部，驻疏勒县，下辖步兵第十团、第十一团、第十二团和炮兵第三〇四团。
第四师第十团（1952年因生产需要曾将原第十团、第十一团合编为第十团，并将第十二团调归第五师指挥）、第十二团及独立团各一部整编为国防军步兵第四师第十团，驻莎车县。
第五师第十四团、第十五团、第十三团第三营各一部及军教导团之边卡营，整编为国防军步兵第四师第十一团，驻温宿县；其第三营驻疏勒县，归南疆军区指挥，仍担负守防任务。
第二军炮兵团整编为国防军步兵第四师炮兵第三〇四团，驻疏勒县。
新疆军区某骑兵连
第六师骑兵团及原第四师独立团的1个连，整编为新疆军区骑兵第一团，驻库尔勒县。
第四师抽调部分干部战士组成莎车军分区。
第五师第十五团及原第四师独立团抽调部分干部战士组成和田军分区。
第五师抽调部分干部战士组成阿克苏军分区。第六师抽调部分干部战士组成焉耆军分区。
大生产运动
第二军藏北运输指挥所整编为中国人民解放军南疆军区阿里运输指挥所，驻皮山县桑株镇，继续担负阿里骑兵支队的运输任务。
第五师师部及第十四团、第十五团、第十三团第三营、第四师第十二团各一部为基础，整编为新疆农业建设第一师，师部驻阿克苏县。
新疆生产建设兵团第2师
第六师整编为新疆农业建设第二师，师部驻焉耆县。第二军财务部供销社机构及直属生产单位为基础，整编为南疆军区生产管理处，驻疏勒县。
第二军工程大队为基础及原第四师（包括独立团）一部，整编为新疆独立工程建筑第三团，驻喀什市。
第二军运输处整编为新疆军区独立汽车第三营，驻喀什市。
第二军教导团（欠边卡营）组成1个补训团的建制（干部战士657人）上调西北军区。
与此同时，还抽调了315名优秀干部由中央军委分
配工作。
这次整编牵动了第二军的全体干部战士，也是第二军历史上的大变动，整编初期部队思想反映很多。一部分参加革命较早的同志，对部队有深厚感情，不愿意离开部队或集体转业；一部分同志在生产中摸到了一些经验，看到了国营农场的美好远景，不愿意离开自己亲手开辟出来的农田。这个时期部队中个人主义思想有些抬头：有的想到关内去，到地方工作；有的怕国防军的"三操二讲”正规化；有的看见生产部队女同志多，想去生产部队解决个人婚姻问题。
郭鹏
第二军党委决定，在整编工作中首先进行深入思想教育工作，凡是思想问题未解决的就暂不急于整编。在整编中，各级党委重视，加强领导，反复调查摸底，将符合国防军条件的干部战士编入国防部队。1953年1月15 日起，部队先后以团或营为单位，按照先党内后党外、先干部后战士的程序，广泛进行整编动员；并深入收集反映，有针对性地进行国内外形势教育、经济建设与国防建设一致性的教育。各部队在教育过程中，结合部队具体思想情况，进行分析批判，组织反复讨论，提高认识。经过深入教育，绝大多数指战员认识到这次整编的重大意义，无论参加国防建设或经济建设同样是光荣的，表示服从组织决定，基本上做到了"留者安心，走者愉快"。
1953年3月中旬，整编工作基本结束。第二军在组织上、任务上划分为两支部队：国防部队和生产部队。1953年4月6日，中央军委批复西北军区，撤销第二军番号。
王恩茂
整编后的南疆军区领导成员：司令员郭鹏，政治委员王恩茂，副司令员买买提依明·伊敏诺夫，副政治委员左齐，参谋长马森，政治部主任朱家胜，后勤部部长李秉仁，后勤部政治委员陈春林。整编后的部队，除焉耆军分区、农业建设第二师、骑兵第一团归新疆军区领导外，驻南疆其余部队及由第五军第十三师整编组成的喀什军分区、骑兵第三团统归南疆军区领导。由原第六军第十七师整编组建的步兵第四师第十二团（驻伊犁惠远），因离步兵第四师师部较远，由伊犁军分区代管。
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