明朝中叶，带领瓦剌部基本统一蒙古高原的也先在内乱中被杀死之后，曾强盛一时的林木中百姓的后裔就开始没落起来，他们不断西迁，最终迁至如今的新疆及中亚一带。但即便如此，瓦剌部形势依然不容乐观，在与漠北蒙古的战争之中，甚至连其首领都多次被俘虏乃至杀死。

当时间走到明末清初时，被改称为卫拉特蒙古的瓦剌部一共分为四大部，分别为准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部、杜尔伯特部。其中，和硕特部首领固始汗由于做事公平，本部实力强大，同时善于调解各部矛盾，被尊为了卫拉特大汗。

但是，此时卫拉特蒙古的形势极为不容乐观，东边是与卫拉特诸部持续数十年战争的漠北蒙古，同时，漠北蒙古还占有巨大优势，一直压着卫拉特诸部打；西边则是不断东扩的沙俄，同时还面临面临着中亚哈萨克部的威胁。

处于三强之间的卫拉特蒙古不但资源匮乏，牧地紧张，卫拉特诸部彼此之间的矛盾也十分复杂，在这种内忧外患之局之下，卫拉特各部开始自谋生路。土尔扈特部在首领和鄂尔勒克的率领下西迁到了今天的欧洲伏尔加河流域，离开了卫拉特故地这片是非之地。而卫拉特四部最强的和硕特部，在首领固始汗的率领下，开始将目光转向了青藏高原。

从明朝中叶开始，藏传佛教开始在蒙古高原广泛传播，尤其当俺答汗接受藏传佛教之后，蒙古诸部信仰藏传佛教的人愈发增多。而蒙古部族信奉最多的是藏传佛教的格鲁派，也就是我们通常所说的黄教。

公元17世纪30年代，青藏高原上的黄教受到了同属藏传佛教，却是不同派别的嘎玛嘎举派的巨大压力，他们开始转而向信奉黄教的卫拉特诸部求助。游牧于天山南麓的和硕特部首领固始汗决定接受格鲁派的请求，率兵驰援。

公元1636年秋，在化装成朝圣香客进行对藏地进行实地考察，充分了解青藏地区各派势力之后，固始汗开始率领骑兵南下，远征青海。不过，虽然早有意动，但是，驰援格鲁派并非和硕特部一家的行动，而是卫拉特诸部共同的决定。因为，固始汗率领的军队组成，不但有本部合作的人马，同时也有准噶尔部和土尔扈特部的人。

1637年初，固始汗率领大军到达青海，开始了对是青海地区的喀尔喀蒙古的战争。

在清初之际，先后将新疆和青藏高原纳入统治范围的明朝，自中期开始大量收缩，虽然名义上还对青藏高原具有统治权力，但实际上早在正德年间开始，青海地区就被蒙古部占据，土默特、鄂尔多斯、喀尔喀等部相继占据了青海。