琥珀形成不同颜色的原因非常复杂，与那个年代形成琥珀树种的树脂树胶性质有关，与琥珀形成过程中地层环境的地质变化有关，与琥珀形成过程中和其它物质相互作用有关，是大自然多重因素综合作用的结果。

（1） 含琥珀酸多的黄色蜜蜡比含琥珀酸少的颜色深；所处的地层土壤酸性重的比酸性轻的蜜蜡的颜色较深。

（2） 硫和硫化物侵蚀，能使蜜蜡变成为白色、绿色乃至蓝紫色，硫酸铜的渗透亦会使之变成绿色。硫化物也是形成琥珀荧光的重要物质之一。

（3） 铁矿、朱砂或锰等浸入，使之变成红色、棕褐色和咖啡色。

（4） 受地热长期焖焗，颜色均较深；受地热影响较大的蜜蜡多为土色、棕色、咖啡色、米白色。

（5）处于腐殖土较多的地层中，受渗透多变成咖啡色，乃至黑色和墨绿色（形成深色系）。

（6） 长期浸泡于水中者，色调会变淡。

（7） 含有木屑成分的琥珀往往颜色比较深。

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