1398年6月24日，71岁的朱元璋病重身亡，朱允炆从此走到了大明王朝的台前。但与此同时，他的叔叔们——各地藩王就成了朱允炆心中挥之不去的阴影。以朱棣为首的十三位塞王，犹如卡在朱允炆嗓子眼里的鱼刺，让他寝食难安。

对于朱允炆来说，诸侯王远比北元更具威胁，若继续把持在他的叔叔们手里，必然会成为威胁、削弱他帝位的跳板。此外，为了皇权的集中、稳固，像黄子澄一样的大臣都曾暗中劝谏过他。削除藩王，也是黄子澄等人心中最重要的使命。因此，削藩是势在必行的！

除了秘密筹划削藩之外，朱允炆还暗施诡计，决定派遣一支精干的锦衣卫队伍，“帮助”各地藩王们快速露出不法行径的马脚。但在削藩的方式上，朝廷的大员们却犯了难。

朱允炆首先问齐泰：“齐大学士，你觉得先削弱谁合适呢？”

齐泰回答：“燕握重兵，且素有大志，当先削之。”

但是朱允炆却摇了摇头。朱棣虽然野心极大，但在洪武时期，他曾多次跟随徐达、傅友德出塞，积累了丰富的战场经验。在朱棡病故后，朝廷再无一人能够压制朱棣。若是首先拿他开刀，恐怕会得不偿失。

其后黄子澄也提议：“不然。燕预备久，卒难图。宜先取周，剪燕手足，即燕可图矣。”

最终，朱允炆同意了黄子澄的意见。

朱允炆之所以会选择黄子澄，是有他的用意的。

首先，朱棣久居北平，势力强大，他的亲弟弟朱橚坐镇开封，与朱棣遥相呼应，铲除朱棣，的确能起到断他臂膀的作用。

其次，早在朱元璋时期，黄子澄就和朱允炆是亦师亦友的关系。当时朱允炆常独坐宫内东南角忧愁藩王坐大之事，黄子澄曾多次开导过他，并以汉时七国之乱为依据，指出藩王作乱不足虑，力劝朱允炆即位后即行削藩。

再次，黄子澄能力超群，有安国宁家的本领。洪武十八年，黄子澄就以探花郎的身份进入翰林院。后来他又被朱标调任东宫，担任太子伴读、太常寺卿，并位列正三品。从进士到朝廷重臣，黄子澄仅用8年的时间，就完成了许多人一生都做不到的事情。更何况，他是在朱元璋、朱标两位极为挑剔的掌权者眼皮子之下实现的晋升，能力可见一斑。

最后，也是隐藏的因素。朱橚有过前科，他曾在朱标病逝前私会朝中大将冯胜，并因此获罪，流放云南。无论朱元璋生前或者死后，朱橚那颗躁动不安的心，始终对皇位念念不忘。而他又志大才疏，没有夺取皇位的本领。就如朱元璋所说：

“朱橚对所经之处的山川地理、风土人情一无所知，从古至今，没有比他更愚蠢的人。”

拿下这位愚蠢的周王，也可以检验其他藩王的反应，这是再好不过的选择了。

1398年9月，在黄子澄的推荐下，曹国公李景隆以练兵为由，前往开封。抵达开封不久，李景隆就突袭周王府，将朱橚与他的妻子、儿女全部抓获。朱允炆宣判了朱橚的罪过后，就把他废为庶人，扔到云南，令他自生自灭。

在废掉朱橚后，黄子澄将目标瞄准了湘王朱柏、代王朱桂。朱桂多有不法之举，轻易就被黄子澄拿下。可朱柏为人忠正耿直，嫉恶如仇，黄子澄就命人暗中制造朱柏的“不良行径”，然后秘密派遣军士化装成商人，突袭长沙，迫使朱柏自焚身亡。

当时黄子澄在削藩上一共有三个任务。其一，削弱朱棣在藩王中的影响力，斩断他的羽翼，令他孤军奋战；其二，将那些与朱棣没有关系，但未来会成长为朱棣一样的年轻的藩王提前处理掉；其三，对朱棣痛下杀手。

在黄子澄半年的实际操纵下，他已然完成了前两项任务。经过朱橚、朱柏、朱桂、朱榑、朱楩的相继落网，黄子澄发现，削藩原来是一件非常容易的事情。

然而，更大的危机却潜伏在暗处。朱棣在姚广孝、朱能的劝说下，秘密打造兵器，准备起兵谋逆。

1399年，朱棣假装生病，不再与外人接触。朱元璋病逝一周年纪念日时，朱棣将他的三个儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧送往京城，名为祭奠，实为宽慰朱允炆的疑心，令他放松对朱棣的猜忌。

当时，齐泰建议朱允炆将朱高炽兄弟三人留在京城，作为人质，以此控制朱棣。然而，黄子澄却提出相反意见。他认为，将朱高炽三人留在京城，与礼法不合，无疑是给了朱棣造反的理由，不如将他们先放回去，日后再想办法对付。