作为少数民族政权，清朝防止内乱的力度远远高于外敌。东北、西北边境地区的守军兵力历来不足，给外敌可乘之机。特别是在新疆，民族矛盾和外敌交织，局势更加复杂。

镇压准噶尔叛乱后，清军将部分兵力部署在新疆，分散到田野里，让这些士兵世世代代留在这里。不过，清军兵力本来就很小，而且还集中在迪化等大城市。面对接二连三的敌对势力，他们往往心有余而力不足。

太平天国和捻军等叛军席卷全国，极大地制约和消耗了清朝的军力、财力。新疆境内外敌对势力看到了机会，蠢蠢欲动。一时间，新疆很多地方脱离了清朝的统治。

1864年2月，乌鲁木齐发生地震，当时称迪化。由于朝廷无力救援，加上某些势力的怂恿，当地爆发了大规模武装骚乱，拉开了新疆动乱的序幕。

六月，回族首领拓明与清军叛将索焕章勾结，率部攻打迪化。清军守城，要求周边部队加紧运送粮食，配合清军守城。这些守备部队中，就有南山屯亭民兵首领徐学功。

徐有功是边防军人的后裔。他自幼习武，在南山有很高的威望。为了完成运送粮食的任务，他带来的三个弟弟全部战死。他家有兄弟八人，他排行第二。

见迪化难守，徐学功无奈，只得退守南山，在附近几个县组织民团，加紧修筑工事，共同保卫。民兵的核心力量是屯丁，平日经常参加军事训练，武器装备充足。这是一个非常高效的团队。

拓明多次派兵攻打南山，不仅失败，而且损失惨重。徐学功反而占领了巩宁城。双方相见四五年，南山成了乱世中的世外桃源，越来越多的汉族、回族等人前来投靠。

拖明叛乱暴露了清朝在新疆的空虚，终于引来了外来野心家亚古博。他原本是浩罕汗国的官员。这个中亚国家正在遭受俄罗斯和英国的挤压和侵蚀，已经岌岌可危。阿古卜无视国际法闯入新疆，纠集反动军队，企图夺取这片中国领土。

1870年，阿古卜率军来到迪化。当初他说自己是来帮助中国剿匪的，并邀请徐学恭出兵一起攻打拓明。阿古博还承诺将迪化以南的城墙归还清廷。徐学功信以为真，派出两千骑兵参战。

没想到，亚古博击败迪花后，很快就撕下了伪装。他要建立一个完全不同的泽德萨尔国家，彻底分裂新疆。徐学功当然不肯答应，并与阿古巴展开了激烈的斗争。

徐学功联合身边的几个民兵组织，频繁袭击阿古巴武装，无法建立牢固的统治。驻扎在新疆的清军已经基本崩溃，只剩下这些民间力量来保卫国家和人民。但清廷仍在海防和边防哪个更重要的问题上争论不休，迟迟不能做出收复新疆的决定。

在此期间，徐学功多次进攻迪化，收复昌吉等据点，给阿古拜武装以极大的打击。不仅如此，徐学功还歼灭了一支伪装成商队的俄军，挫败了俄罗斯入侵新疆腹地的阴谋。

俄罗斯侵占西北外域后，一直虎视眈眈新疆。俄罗斯趁着亚古博叛乱之机，派出大批商人和间谍进入新疆。1872年，徐学功在石河一带发现了一支俄罗斯商队。经过调查，他确信他们是俄罗斯军队伪装的，他们的目标是睢来城。

于是，徐学功用计驱散了俄军，然后一一击溃，俘获了大量骆驼、马匹和货物。俄军对此勃然大怒，但也无可奈何。他们不敢公然挑起战争，只能先记下徐学功的名字，等待未来来算账。

与阿古巴的战斗漫长而艰难。徐学功一出，阿古巴便进攻南山旧营。不幸的是，他的全家都被杀了。徐学恭是他的八个兄弟中仅存的一个。但他来不及悲伤，将亲人安葬好，重整旗鼓，再次进攻亚古波武装。

徐学功等民团终于等到了左宗棠出兵新疆的消息。此时，新疆动乱已经过去12年了。左宗棠湘军如火如荼，阿古巴节节败退。这个外国政权本来就不受欢迎。当皇军到来时，新疆人民纷纷响应。

徐学功的民兵整编为真武营，参加收复玛纳斯城的战斗，并杀死了阿古拜元帅何鲁。新疆战事刚刚平息，俄罗斯人又来找茬，要求严惩石河事件的主谋徐学功。为了平息事态，安息他人，清廷解除了徐学恭的一切官职。

直到十三年后，徐学功才重新成为游击队员。1912年10月，这位守护中华大地、保护十万余人免遭屠杀、为国奋斗一生的老战士因病去世，享年69岁。