冷冻干燥与其他干燥方法比较有许多的优点，主要为：

（1）冻干食品最大限度地保存样品的色、香、味，如蔬菜的天然色素保持不变，各种芳香物质的损失可减少到最低限度；冷冻干燥对保存含蛋白质食品要比普通冷冻保存的好。

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（2）对热敏性物质特别适合，可以使热敏性的物料干燥后保留热敏成分；能保存食品中的各级营养成分，尤其对维生素C，能保存90%以上。

（3）在真空和低温下操作，微生物的生长和酶作用受到抑制，无交叉污染。

（4）脱水彻底，干制品重量轻，体积小，贮藏时占地面积少，运输方便；各种冷冻干燥的蔬菜经压块，重量减轻显著。由于体积减小，相应地包装费用也少得多。

（5）复水快，因为被干燥物料含有的水分是在冻结状态下直接蒸发的，故在干燥过程中，水汽不带动可溶性物质移向物料表面，不会在物料表面沉积盐类，即在物料表面不会形成硬质薄皮，亦不存在因中心水分移向物料表面时对细胞或纤维产生的张力，不会使物料干燥后因收缩引起变形，故极易吸水恢复原状。

（6）因在真空下操作，氧气极少，因此，一些易氧化的物质（如油脂类）得到保护。

（7）冷冻干燥法能排除95%～99%以上的水分，产品能长期保存而不变质

（8）特别适合疫苗、多肽、蛋白、血液制品、生物制品等