在接下来的两年里，约翰在小亚细亚北部与达尼什曼德人交战。1141年，皇帝在小亚细亚西部展开军事活动，准备为他的第二次远征叙利亚做准备。

约翰在1137年第一次远征叙利亚的军事行动中所攻陷的城池很快就又失去了，赞吉在1137年5月“从法兰克人手中夺回了卡法塔布，在秋天又夺回了马雷特努曼,比扎赫和阿塔勒布”。

在接下来的四年里，当赞吉忙于征服大马士革时，北方的法兰克人却没能充分利用这一机会，尽管每年雷蒙德和阿勒颇的穆斯林互相袭击对方的领土,但是二者之间没有发生重大的交战。

由于穆斯林王公们在边境附近的内讧，加上达尼什曼德人穆罕默德的死，埃德萨伯国则保持了相对和平。对于身在君士坦丁堡的皇帝约翰二世来说，“叙利亚北部的法兰克人作为基督教世界士兵的存在是毫无价值的”。

在约翰再次集中精力对付叙利亚之前，仍需确保帝国西侧的安全。与此同时，诺曼人和德国人之间的战争已经结束。同样，在1139年，威尼斯与西西里和解，同年，英诺森二世承认罗杰为国王。

因此，约翰试图在拜占庭帝国和德意志帝国之间建立更紧密的联系。1140年初，拜占庭特使前往德国，以维持联盟对抗西西里的罗杰二世。拜占庭担心德意志新统治者康拉德三世会拒绝1135年同盟的延续，这次的联盟提案与两国之间的联姻相关。

1141年和1142年，双方进行了进一步的谈判，显然也与意大利南部双方的主权有关。最终，婚姻同盟得到了确定，康拉德三世妻子的妹妹，苏尔茨巴赫的贝莎（BerthaofSulzbach），被许配给皇帝约翰二世最小的儿子曼努埃尔。

1142年春，拜占庭军队在约翰二世和他的儿子的带领下穿过小亚细亚到达阿塔莱亚，赶走了塞尔柱人和他们的土库曼仆从，帝国军队再次突破弗里吉亚，并加强了边境防御。

当军队行进到阿塔莱亚时，皇帝遭受了沉重的打击，他的长子，被任命为继承人的阿莱克修斯，在那里病逝，随后他委派第二个和第三个儿子安德罗尼卡斯和伊萨克护送阿莱克修斯的遗体返回君士坦丁堡，但是在航行途中，安德罗尼卡斯也染病去世了。

约翰不顾悲伤，继续向东推进，为了不引起法兰克人的警觉，他宣布要前往奇里乞亚，重新征服达尼什曼德人占领的要塞。

军队沿着海岸线一直行军到奇里乞亚，然后突然转向北方，穿过奇里乞亚，翻过阿曼努斯山脉（upperAmanusrange）的异教徒山（GiaourDagh），并在九月中旬出乎意料的出现在埃德萨伯国的第二大城市特贝塞尔城（Turbessel）。

埃德萨伯爵乔斯林二世（JoscelinII）大吃一惊，急忙跑过去向皇帝致敬，皇帝要求伯爵提交人质，尽管乔斯林并无准备，但考虑到皇帝军队的规模，“看到世界上似乎没有一个国家能够抵挡得住的无与伦比的军队”，他不得不将他的一个女儿伊莎贝拉派往作为人质。

皇帝采取如此行动的原因在于埃德萨伯爵在1138年军事行动中以及之后在安条克城的行为，依据提尔的威廉所言，“皇帝或多或少知道伯爵是安条克市民暴动的始作俑者”。约翰利用了这一点，同时阻止了埃德萨伯爵对安条克的其他任何支持。

军队从特贝塞尔出发，向安条克急行军，直到1142年9月25日，军队在一座圣殿骑士的城堡附近停了下来。约翰从这里派了一个大使，要求安条克公爵按照先前的协议交出这座城市、城堡和所有防御工事，以便皇帝能够更容易地对穆斯林发动战争。

就他本人而言，他将慷慨地履行他所作的承诺，表示愿意在将来征服的土地上授予雷蒙德一个公国，而且，他还将根据各人的功绩，给予法兰克人丰厚的奖赏。

这一要求让安条克人束手无策。皇帝现在重申了1138年的要求，尽管它与1137年的协议相矛盾，这样会违反最初的条约，但他也有权力去执行它。约翰已经认识到他无法逃避1137年条约所产生的责任，但他既不能也不愿放弃对安条克的宣称和占有。

他可能觉得自己在道义上是正确的，因为在对沙伊扎尔的远征中，法兰克人没有给予他足够的支持，此外，法兰克人在1138年对其首次移交要求的答复似乎模棱两可。不管是什么情况，皇帝想要无视与安条克公国在1137年的口头承诺，直接命令雷蒙德将安条克交给帝国。

然而，法兰克人不知道如何回答皇帝的要求，对他们来说，把安条克交给“软弱的希腊人”似乎是不可能的，这样的行动只会导致该城和整个地区被穆斯林占领，这种情况已经发生过不止一次。

当然，最基本的动机不是这种忧虑，而是担心安条克的法兰克人将不得不放弃他们的独立，向皇帝屈服，另一方面，如果可能的话，他们希望避面与拜占庭皇帝公开爆发战争。

最后，他们找到了一条出路，即以封建法律为由拒绝拜占庭帝国的要求，安条克人认为雷蒙德是安条克公国的领主，只是因为他与康斯坦斯的婚姻，因此，他没有能力根据自己的判断将公国移交给另一个国家，市民和贵族都会拒绝这样的行为。

而且未经附庸的同意，即使安条克公爵和女公爵意见一致也不能割让或交换公国，如果他们试图这样做，附庸也许会废黜他们。贾巴拉主教（TheBishopofJabala）向约翰提交了议会的答复，他“以教皇的权威为理由申明了对帝国要求的拒绝，但他让约翰庄严地进入安条克城”。

这个答案完全违背了雷蒙德之前的所有承诺，让约翰除了战争之外别无选择。从封建法律的角度来看，这种说法是正确的。同样，安条克人也可以指控拜占庭违反条约，他们没有这样做表明他们想避免与拜占庭的战争。

显然，法兰克人低估了拜占庭人的决心，希望约翰也能同样避免公开冲突，但皇帝坚持他的决心，战争不可避免。

约翰的逝世及后续

约翰决定武力收复安条克，但此时已经临近冬季，不适合继续围城作战，皇帝只得在草草的掠夺了安条克的郊区后，便率领军队撤退到奇里乞亚沿海平原的冬季营地，收复了被达尼什曼德人占领的城堡，并度过了冬天。

在冬季整修军队时，皇帝派了一个外交大使到耶路撒冷的国王福尔克处，并宣布他希望去往耶路撒冷拜访福尔克国王和朝圣，并与国王讨论联合打击异教徒的行动。提尔的威廉写道，“在这里，约翰的主要动机并非宗教意愿”。

到目前为止，富尔克一直置身于安条克公国和拜占庭帝国的冲突之外。庞大的拜占庭军队的存在必然会给他带来相当大的压力，甚至可能迫使他像北叙利亚的十字军领主一样承认拜占庭帝国的宗主国。

这显然是他迄今一直在努力避免的，但公开拒绝就太危险了，因而福尔克非常巧妙地解决了这个问题，伯利恒主教安塞尔姆（BishopofBethlehem,Anselm）在耶路撒冷城堡主罗尔德（Roard,castellanofJerusalem）和圣殿修道院院长杰弗里（Geoffrey,abbotoftheTemple）的陪同下被派往约翰处,称“国王同意了皇帝的要求。

但同时指出，耶路撒冷王国无法养活整个拜占庭军队，如果皇帝只带一万人来，他会很高兴地款待皇帝”。约翰拒绝了耶路撒冷国王，因为他认为，仅由一万人的随行部队出行去耶路撒冷是不符合罗马皇帝身份的。

因此，他用许多表示他好意的信物解散了使节，并慷慨地向他们赠送礼物，然而他的真正原因是，如果没有大军的压力，他不可能实现对耶路撒冷王国施加帝国影响的目标。

1143年3月，当皇帝准备再次对安条克远征之前，他组织了一次在托罗斯山狩猎野猪的活动，在一次狩猎过程中，他“不慎被毒箭划伤手指并恶化成了败血症，很快他就死于血液中毒”。

约翰平静地面对自己的结局，直到最后，他还在为帝国的继任和顺利延续做准备。他的两个大儿子都死了，第三位是在君士坦丁堡的伊萨克，他是一个脾气不稳定的年轻人，约翰决定，最年轻、最聪明的曼努埃尔应该成为他的继承人。

他说服了他的好朋友，总司令阿苏克拥护曼努埃尔，他用自己虚弱的双手将王冠戴在曼努埃尔的头上，召集他的将领为新皇帝喝彩。“在向潘菲利亚的一位教士作了临终忏悔后，他于4月8日去世”。

约翰的死拯救了法兰克人和安条克公国。阿苏克极力赶在消息传出前赶到君士坦丁堡，阻止约翰的儿子伊萨克夺取王位的企图，曼努埃尔则带领军队穿越小亚细亚返回君士坦丁堡。在他稳定自己的帝位之前，他无法在东方继续活动了。

就此，北叙利亚的紧张局面结束了，拜占庭皇帝约翰二世的东方军事斗争也因此戛然而止。总的来说，很明显约翰二世去世时的拜占庭帝国要比他刚继位时要好得多。

此时的帝国已经收复了大量领土，恢复对小亚细亚中部的控制权和在幼发拉底河重新建立边境的目标似乎可以实现。然而，“小亚细亚内陆的希腊人已经逐渐接受突厥人的统治，后者能给予他们更为宽松的生存环境”。

此外，尽管从小亚细亚突厥人、塞尔维亚人和黎凡特十字军国家那里获得臣服和附庸是相对容易的，但将这些关系转化为帝国安全的具体利益却是难以实现的。“这些问题要遗留给他的继承者曼努埃尔来尝试解决”。