云南纳帕海省级自然保护区，位于云南省迪庆藏族自治州香格里拉市，总面积2400公顷，三面环山，山峰海拔3800—4449米，处于东经99°37′—99°40′，北纬27°49′—27°55′。云南纳帕海省级自然保护区属寒温带高原季风气候区西部型季风气候。

受南北向排列的山地和大气环流的影响，全年盛行南风和南偏西风。干湿季分明，11月至次年5月为明显干季，5—11月为明显湿季。纳帕海虽位于中亚热带水平气候带内，但由于地处青藏高原的东南延伸部分，而具明显的高原气候特征，太阳辐射强，年日照时数平均2180小时，气温年较差小，日较差大，长冬无夏，春秋短，年均温5.4℃，最热月7月均温13.2℃，最冷月1月均温-3.7℃，10℃活动积温1392.8℃，气温年较差平均16℃，气温日较差平均可达20℃，干季时可达30℃。

纳帕海位于多雨区与少雨区的过渡地带，年平均降水量620毫米，每年有霜期约125天，9月至次年5月有雪。纳帕海是高原季节性湖沼。夏末秋初，雨水频降，再加上青龙潭、纳曲河、旺曲河水的注入，形成大面积湖面，水面最大时可达上千公顷。

纳帕海还是季节性天然湖泊。由一系列淡水池塘、沼泽组成，由周围山里的8条小河供水。湖水从西北隅溶洞汇入地下河，再经溶洞流往尼西乡汤姆堆排出，注入金沙江。

纳帕海水量补给主要依靠降雨、地表径流、冰雪融水和湖两侧沿断裂带上涌的泉水，年均产水量25700立方米。受西南季风影响，6月初形成大量降水，源自雪山森林的纳曲河、奶子河等十余条溪流汇于湖中，湖面水漫上千公顷，水深可达4—5米；但由于石灰岩漏水，8月后湖水退落，10月前后由于秋季季风退缩再次产生降雨，湖水再次上涨使湖面增至3125公顷，并于11月后退落，湖水退落后湖面大幅度缩小，湖水从西北角的9个落水洞泄入地下河，穿过北部小背斜，潜流10千米后出露形成支流汇入金沙江，汇水流量变小，湖面缩小至500公顷左右。