纯化水微生物限度不合格的处理方法可以参考以下步骤：

1. 停止使用：首先，停止使用不合格的纯化水，以避免对人体健康造成潜在风险。

2. 检查和清洁设备：检查纯化水设备的各个部分，例如过滤器、膜组件等，确保没有堵塞或污染。对设备进行彻底的清洁，使用适当的清洁剂和消毒剂，按照设备制造商的指导进行清洗。

3. 消毒处理：对纯化水设备进行消毒处理，以杀灭存在的微生物。可以使用适当浓度的消毒剂，例如次氯酸钠或过氧化氢溶液。确保消毒剂在设备内充分循环，以达到彻底消毒的效果。

4. 定期检查和维护管路系统：及时修复漏水和泄漏问题。

5. 进水水质不合格：如果进水水质中存在微生物等污染物或者病原体，需要检查进水水质，并采取措施(如使用更纯净的水源或增加过滤步骤)来改善水质。

6. 增加过滤步骤：在纯化过程中增加额外的过滤步骤，以进一步去除水中的微生物。

7. 检测和监控：定期检测纯化水的微生物限度，确保其符合标准。如果再次出现不合格的情况，需要重复上述步骤，并找出可能的问题所在，例如设备故障或进水水质问题。

以上步骤仅供参考，建议咨询相关领域的专家获取更准确的信息。