目前，解决如何去除内毒素的问题刻不容缓，那如何有效去除内毒素呢？
首先，在药品制剂及基因工程等产品的生产过程去除内毒素包含两方面的内容：在药品制造过程中或在基因工程产品生产过程中所需的各类药品以及水等一切仪器和试剂都不能有内毒素存在，甚至要检查每一个环节中的个别药品试剂的内毒素含量，若发现有超量或较大量内毒素存在时，必须要把内毒素去除，然后再进行下一步制造程序。去除内毒素的方法要根据各类药物的相对分子质量等应用各种相应有效的方法予以去除。选择去除内毒素的方法十分重要。
总之，要求研究既能有效去除内毒素又能最大限度地保持生物大分子活性的方法是十分重要的。一般需根据具体要求选择去除内毒素的方法，例如基因工程产品的纯化即主要采用各种分析技术如离子交换、亲和层析、分子筛等有效去除内毒素。
离子交换是利用样液中各种物质在同一环境中所带电荷的不同而加以交换分离的，当pH值＞2时内毒素带负电荷，这是离子交换法去除内毒素的基础。应用层析法从白蛋白中去除内毒素的工艺主要是采用DEAE-SepharoseF介质，即将被内毒素污染的白蛋白上柱，使白蛋白和大部分内毒素结合于介质上，先用水清洗清除少部分不结合的内毒素，然后用特殊洗脱液选择性洗脱白蛋白，此洗脱液对内毒素无作用，因此90%的内毒素仍结合在柱上，最后用NaOH将柱清洗干净。用此法每批可以处理20kg白蛋白，可清除内毒素含量达20μg/L。
其次，即使生产中采取了有效的工艺和严格的预防措施，仍有可能在药品制造及分装中污染内毒素，如何处理已被污染的半成品是比较棘手的问题。
最后，人们要解决的是临床上的内毒素血症问题，即怎样有效地把血液中的内毒素去除。目前较为有效的处理方法是采用亲和层析技术，即将内毒素底物LAL或多黏菌素B（PMB）以及其他有效的、特异性较强的物质偶联于载体（CNB-Scellulose或中孔纤维）上，用介质的特异性吸附内毒素，从而使蛋白通过，把内毒素吸附住。
Kutg介绍了PMB处理凝胶的制作，他利用PMB凝胶柱从含1~10mg/L内毒素的溶液中将内毒素充分除净，但未能明确介质的吸附量。美国Sterogene生物分离公司的Acticlean Etox凝胶的最大内毒素结合量在血清中为2000EU/ml，在水中为20000EU/ml，用这种胶处理被污染的含白蛋白的干扰素，可吸附内毒素量为1700EU/ml，去除内毒素效果较好，但活性有一定损失。
目前需要解决的是蛋白与内毒素结合的问题，如果内毒素在蛋白溶液中以游离形式存在，上述方法是有效的；如果内毒素与目标蛋白结合在一起，则Thomas报道的选用透析的表面活性剂辛烷-B-D-吡喃甙葡糖可使内毒素与蛋白解离，之后再使用PMB-Sepharose 4B亲和层析法，用这种方法处理已被内毒素污染的牛过氧化物酶是有一定效果的。
国内张顺财等报道应用多黏菌素B脂亲和层析法清除体液中的内毒素的结果表明：5ml多黏菌素B亲和层析柱吸附内毒素的总量为450μg，应用此法对血清及腹水中的内毒素有明显的吸附作用，而血清中的有效成分则无明显改变，且柱的复活率可达85%。
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