1969年，“九大”期间，纪登奎作为革命干部代表登上主席台发言，也是“九大”之后，纪登奎逐渐受到重用，并在1970年被正式调到中央工作。调到中央后，纪登奎越发受到重用，并在1975年1月出任副总理一职。

纪登奎刚调到中央时，主要分管财贸、农业以及值班室的工作，1971年之后，纪登奎的分工有所改变，他把更多的精力放到了中组部，主要分管中组部的工作。另外，还有一些专案 以及党务系统的工作也归纪登奎管理。

1973年，纪登奎接到一项任务，主席让他找胡耀邦谈话，打算把胡耀邦调到甘肃省，担任甘肃省委第一书记。那段时期，胡耀邦没有复出工作，在“十年特殊时期”开始之前，胡耀邦曾在陕西工作过一段时间，不过，在陕西期间，胡耀邦的心情非常复杂，工作也屡屡碰壁，后来还是在叶帅的保护下才返回北京。

纪登奎找胡耀邦谈话，说明了来意，胡耀邦拒绝担任甘肃省委第一书记，并说自己不适合到西北，由于历史原因，自己过去在那里有一些是是非非（指的是在陕西的工作经历）。因为胡耀邦不同意，纪登奎也没有强求，事后纪登奎回忆，说当时胡耀邦可能已经料到即使复出也很难开展工作，不如不去。

1980年，纪登奎辞去了自己的领导职务，赋闲了一段时间。1982年，在纪登奎到农村发展研究中心工作之前，胡耀邦专门找到纪登奎谈话，问纪登奎是否愿意回河南工作。众所周知，河南是纪登奎仕途的起点，新中国成立时，作为山西人的纪登奎留在河南工作，担任了许昌地委副书记兼宣传部部长，是当时全国最年轻的地级干部之一。

也是在许昌工作期间，主席在专列上召见了纪登奎，纪登奎向主席汇报了许昌如何开展宣传工作，因为条理清晰，纪登奎引起了主席的兴趣，自此之后，主席每次路过河南，几乎都要听一听纪登奎汇报工作。两人相差三十岁，后来主席还用“老朋友”称呼纪登奎。

1966年，“十年特殊时期”开始后，纪登奎先是受到重用，不久后被“打倒”，1967年下半年，在主席的关怀下，纪登奎重新复出。河南省革委会成立后，纪登奎担任了省革委会副主任，手中的权力很大。1970年，纪登奎虽然被调到中央工作，但依然兼任了河南省革委会副主任，对河南省的局势有很大的影响。

胡耀邦之所以想安排纪登奎回河南也是因为纪登奎熟悉河南的工作，不过，纪登奎听后却回答：“河南是我的老地方，建国以后长期在那里工作，各种关系比较复杂，回去工作不方便。所以，我不想回河南工作。”说到这里，纪登奎还感叹1973年两人的谈话，如今正好事情轮转回来。

其实，纪登奎说的比较委婉。前面我们说了，纪登奎在“十年特殊时期”复出较早，在台上工作的时间比较长，得罪了很多人，尤其是他对河南的局势有很大影响，对纪登奎来说，肯定也有照顾不到的干部，因为种种因素，纪登奎不想回河南工作。

因为纪登奎不愿回河南，所以1983年，中央便把他安排到农村发展研究中心，主要从事一些调查研究工作，并给予他正部级待遇。