执法稽查局就一家超市经营的某种食品不合格一事做出了回复。据执法稽查局表示，食品的安全问题与投料、生产线运转、生产工人和运输仓储等环节有关，每一批次的产品都可能存在差异。因此，单一检验报告不能代表全部产品的安全情况。对于该超市提供的该食品供货商的营业执照、食品生产许可证的复印件以及不同批次的检验报告，不能被视为该超市已履行进货查验义务。因此，不能对该超市免予罚款。这是根据《食品安全法》136条作出的判断。