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在网上办理北京市清税证明，可以通过以下步骤进行：

1.登录北京市网上税务局（自然人版），进行注册或登录。

2.在首页找到“自然人-税收管理系统”或“个人所得税APP”扫码登录。

3.在特色应用中找到“纳税记录开具”或类似选项，点击进入。

4.选择需要开具清税证明的日期范围，一般可以选择2019年及之后的日期。

5.确认信息并提交申请，缴纳相应的费用。

6.等待审核通过，下载并打印清税证明。

需要注意的是，具体的操作步骤和要求可能会因地区和政策变化而有所不同。