人人可及的空间蛋白质组
近几年，空间多组学的热度与日俱增，于2022年上榜Nature并成为值得关注的七大榜单技术，于2023年被世界经济论坛评选为2023年十大新兴技术。目前，空间多组学已经成为了生命科学的前沿技术 。
空间多组学结合了组学研究（如基因组学、转录组学、蛋白质组学等）和空间生物学的概念，其主要目标是确定细胞和组织在空间上的组织结构，以及这种空间结构如何影响基因表达、细胞功能和细胞间的相互作用。已经被大家所熟知的空间转录组基于转录组信息推测细胞功能和细胞之间的互作仍存在一定局限性，虽然mRNA及其同源蛋白之间有一定的相关性，但从mRNA到蛋白质的翻译过程是高度调控和非线性的 。
空间蛋白质组是一种直接进行无偏差的大规模蛋白质的定位、定性、定量分析的前沿性技术。该技术不仅能够实现从蛋白质水平全面解析疾病或生物学过程的分子机理，同时由于具有直观的空间信息，因而能更精确地定位到核心细胞群体，并对其进行深度蛋白质表征。因此，空间蛋白质组的数据结果更加准确可靠、贴近表型，同时也更容易实现临床转化。随着国际顶刊对空间蛋白质组学技术的关注，进一步证实了空间蛋白质组学具有广泛的应用前景和科研价值。
01、H&E空间蛋白质组学技术流程
贝普奥生物H&E空间蛋白质组学通过将空间维度的激光显微切割技术和贝普奥生物独家专利的SISPROT样品前处理技术整合，在同一张切片上进行染色分析、自动化切割、精准收集和高深度质谱检测。其中基于高度集成化的SISPROT前处理技术可以几乎无损的进行显微切割的微量组织样品的前处理，2小时内完成高灵敏度的蛋白质样品前处理，并兼顾了前处理过程中的稳定性、重复性，结合高分辨率高灵敏度的液相质谱平台，为最终获得高质量的深度蛋白质组数据奠定扎实的技术流程。
2、H&E空间蛋白质组学应用实例
空间蛋白质组学揭示新冠肺损伤机制
2023年7月，中国科学院武汉病毒研究所石正丽教授课题组联合南方科技大学田瑞军教授课题组和华中科技大学同济医学院周亦武教授课题组，在bioRxiv上发表的题为：Deep spatial proteomic exploration of severe COVID-19-related pulmonary injury in post-mortem specimens 的研究论文。
该研究通过H&E染色结合空间蛋白质组对武汉大流行第一批死亡患者留存的FFPE样品进行了高深度空 间 蛋白 质组学检测。 其中，在71个样品中共检测到超过1万种蛋白质，绘制了新冠肺损伤高深度蛋白质图谱，发现了由新冠引发的通路失调，从而揭示了肺损伤机制。 该研究为后续治疗方案的开发提供了新的方向。
空间蛋白质组学解析不同类型细胞的蛋白质表达差异
2018年 4月，南方科技大学田瑞军教授课题组在Analytical Chemistry期刊发表了题为：Spatial-Resolution Cell Type Proteome Profiling of Cancer Tissue by Fully Integrated Proteomics Technology 的研究论文。
该研究通过H&E染色、激光显微切割和SISPROT样品前处理技术，首次对结肠癌癌细胞、肠细胞、淋巴细胞和平滑肌细胞进行了空间维度的蛋白质组学检测，成功地实现了肠细胞、淋巴细胞和平滑肌细胞在相同组织切片和连续切片上的空间蛋白质组分布图。
拓展案例
空间可视化蛋白质组学发现胰腺癌中新的细胞亚型
南方科技大学田瑞军教授课题组在bioRxiv上发表的题为：Multimodal single cell-resolved spatial proteomics reveals pancreatic tumor heterogeneity 的研究论文。
该研究通过将空间可视化蛋白质组和细胞类型蛋白质组相结合，对胰腺癌的肿瘤微环境进行深度解析。在同一张切片上进行了3标4色的多重免疫荧光染色和质谱检测，获得了厘米级大视野高质量成像和高深度蛋白质组结果，同时通过流式细胞术分离了14种细胞类型，每种细胞类型分选1000个细胞，共鉴定了超过7000种蛋白质。通过反卷积算法准确预测了肿瘤和淋巴结构中9种免疫细胞亚型的比例，发现了一种新的免疫抑制T细胞亚型，随后精准预测并验证了其在胰腺癌肿瘤细胞区域而非淋巴结构区域的空间特异性。
贝普奥生物致力于持续创新蛋白质组学技术，推动疾病诊断和治疗药物发现。我们提供全流程空间可视化蛋白质组学服务，可接受不同类型的组织样品，为癌症、神经生物学、发育学等领域绘制精细化空间蛋白质图谱，为解析组织微环境提供坚实可靠的技术基础。
关于贝普奥生物
About BayOmics
深圳市贝普奥生物科技有限公司是一家于2022年1月在深圳成立的蛋白质组学研发型高科技公司。作为蛋白质组学上游市场解决方案提供商，公司致力于对蛋白质组学领域的研发成果进行商业开发及转化。团队以受多项专利保护的蛋白质组学前处理系列产品为切入点，通过临床功能蛋白质组学技术平台为目标市场提供全流程解决方案。
公司核心成员在蛋白质组学、肿瘤生物学领域获得重大科研成果，超半数员工拥有博士、硕士学位及海外研究经历。充满创造力的团队立足于大湾区，服务全球，专注于降低蛋白质组学分析技术难度，提升其在创新标志物和创新药物研发全链条中的应用，以蛋白质组学技术为重大疾病提供精准诊疗策略。
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