强毒死亡率高!非洲猪瘟基因I型和II型重组形成嵌合毒株,升级检测方法早发现是关键

2023年以来,生猪价格持续低迷,国内关于非洲猪瘟疫情的消息也此起彼伏,众多一线生产者开始关注与非洲猪瘟有关的研究,以期能够为2023年冬季所遇到的困境寻求新的突破点。

2022年10月19日和2023年12月15日,哈兽研科研团队分别在《Nature communications》和《中国科学》杂志社上发表《在猪体内检测到高致死力的基因I型与II型的嵌合毒株》和《中国非洲猪瘟研究进展》两篇文章,详细阐述了非洲猪瘟嵌合毒株特性及研究进展。

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Georgia07 强毒株占比56.5%

NH/P68 毒株占比约43.5%

基因Ⅰ型/Ⅱ型病毒重组生成嵌合毒株

非洲猪瘟已被报道有24种基因型,自2021年以来,中国田间出现了基因Ⅰ型和Ⅱ型病毒的共存。那么在自然情况下,基因I型病毒与基因II型病毒是否可能发生自然的基因重组现象?若发生重组,其毒力与传播能力又是如何呢?2021年底,研究人员赵东明[1,2]等人在中国江苏、河南、内蒙古部分区域送检疑似非洲猪瘟阳性样品中分离出三株基因Ⅰ型/Ⅱ型重组病毒株,首次证明非洲猪瘟在不同基因型之间可以发生自然重组,产生新的自然重组毒株。

哈兽研科研团队对此类病毒进行全基因组序列测定,并进行了系统的遗传进化分析。全基因组进化树显示:这些嵌合毒株,在遗传进化树上形成一个独立的分支,位于基因Ⅰ型分支和基因Ⅱ型分支之间,根据其P72的保守序列(B646L基因)被鉴定为基因Ⅰ型。

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重组毒的基因,其中浅蓝色基因来自基因I型,橙色来自于基因II型

但研究人员同时发现,三株重组病毒基因组的 10 个不连续的片段来自基因Ⅱ型 Georgia07 样强毒株,占比约 56.5% ; 其余 10 个不连续的片段来自基因Ⅰ型 NH/P68 样毒株,占比约 43.5% 。 因此,嵌合毒株即为重组毒株。

通过对SPF猪试验发现,嵌合毒株对家猪呈现高致死性特性,且水平传播能力强,嵌合毒株EP402R基因(CD2V基因)与2018年在黑龙江分离的HLJ/18(基因II型)100%同源,而与2021年分离的基因I型毒株只有81%的同源性。也就是说:嵌合毒株的CD2V基因是来自于2018年中国分离的II型野毒株的,可能是其毒力增强的重要因素之一。然而,基因Ⅰ型/Ⅱ型重组病毒的出现将为非洲猪瘟的检测及防控产品研发带来新的挑战。

嵌合毒株诊断方法:

全基因组测序或重点基因测序与qPCR相结合

根据南京博维特与曲向阳博士分析,嵌合毒株的诊断方法有如下三种[3]:

方法一:全基因组测序

通过全基因组测序,将各基因片段分别与基因I型、基因II病毒进行比对,即可知晓所检测的病毒是否属于重组毒株,如何进行的重组,哪些病毒片段进行了重组等。

该方法是了解病毒特性最有效、最全面的方法,但该方法成本高、耗时长,更适于实验室的科研性研究。

方法二:对重点基因进行测序

P72(B646L基因)与CD2v(EP402R)是非洲猪瘟重组病毒中两个重要的蛋白/基因,对这两个片段进行重点测序,通过序列比对分析即可确定测序毒株是否属于重组病毒。

此方法可以明确CD2v对应的EP402R基因的来源,是否发生变异等。但需要专业化实验室对相应的片段进行扩增,送到第三方生物技术公司进行测序,再由专业人员进行基因序列的比对等。

方法三:qPCR方法鉴别

第一步:I型与II型的鉴定,从P72角度,嵌合病毒属于基因I型病毒,因此可通过P72的鉴别试剂盒鉴定非洲猪瘟病毒属于I型还是II型。

第二步:由于嵌合毒株的CD2v序列跟基因II型100%相同,而与基因I型只有81%的相似度。因此,用基于基因II型特性的CD2V基因检测,看结果是否阳性。

第三步:结果汇总与分析:

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值得注意的是,临床上可能会出现同一头猪检测到I型与II型的混合感染。若通过两步qPCR检测,结果为上述蓝色部分所显示,两次检测结果均可能是嵌合毒,那么就可以初步判断为嵌合毒,对此类样品,可以送检继续进行测序判断。

此方法具有速度快,成本低的优点,但存在无法知晓CD2v或其他基因是否发生了其他的变异或重组等缺点。

所以,博维特体系推荐的方法是:先利用qPCR鉴别试剂盒在猪场实验室进行检测,或委托第三方实验室协助鉴别,在4个小时内可以知道结果,以指导现场的处置策略。同时送给第三方实验室进行测序、比对,获得更可信的信息。

7大防控要点

遏制非洲猪瘟传播

非洲猪瘟病毒对猪类的感染率极高,患病猪只接触到非洲猪瘟病毒就能感染,传染性极强,疫情爆发可造成大量的猪只感染死亡,给养猪业带来沉重的损失。因此非洲猪瘟的防控工作十分重要,需要各级政府、养猪户和兽医共同努力,采取有效的防控措施遏制非洲猪瘟的传播,保障猪只的健康和养猪业的持续发展。

1、天罗地网

有条件的猪场可以选择安装空气过滤设备,但空气过滤设备成本高,并非所有猪场都能应用。可以考虑使用封闭网,阻挡苍蝇、蚊子、鸟和鼠类进出猪舍,这种“天罗地网”可有效切断传播途径。

2、人/车管理

人员及车辆从场外进入场内携带非洲猪瘟病毒的风险极高,必须做好生物隔离与洗消工作,建议采用“三色管理”的原则,即猪场的所有用品、人员均用三种颜色标识,如红色代表危险、黄色代表缓冲、蓝色代表安全。

3、单元格化

单元格分为基本单元格、合并单元格和关联单元格,每头猪及其环境构成基本单元格,对整个猪场防疫大有裨益。

4、合理营养

合理的营养水平对防范非瘟意义重大。因此,为了控制成本,防住非瘟,营养既不能少,也不能冗余,合理的营养对提高猪群免疫力进而对抗非洲猪瘟意义重大。

5、饲料熟化

饲料熟化可阻止“病从口入”,同时饲料存储环境也应进行热化处理。

6、唾液采集、检测与拔牙

血液检测非洲猪瘟具有滞后性和易污染性,因此建议防疫机构和养殖企业通过唾液采集与核酸检测对猪场进行定期检测,并施行定点清除(拔牙)技术,将局部感染的、尚未出现临床症状的疑似猪群进行清理,提倡并实现净化生产。

7、自我净化

推进认证“无疫小区”,单场非瘟净化的“星星之火”必将汇聚成非瘟净化的“燎原之势”。

参考文献:

[1]张振江, 孙恩成, 朱远茂, 等. 中国非洲猪瘟研究进展. 中国科学: 生命科学, 2023, 53

[2]Zhao D, Sun E, Huang L, Ding L, Zhu Y, Zhang J, Shen D, Zhang X, Zhang Z, Ren T, Wang W, Li F, He X, Bu Z. Highly lethal genotype I and II recombinant African swine fever viruses detected in pigs. Nat Commun. 2023 May 29;14(1):3096. doi: 10.1038/s41467-023-38868-w.

[3]曲向阳.如何对非洲猪瘟I型与II型的嵌合毒株进行快速的鉴别?

【微信编辑】孟 轩

【内容采写】徐宇萌

【数据制图】徐宇萌

【内容审核】李 丹

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