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猕猴桃（Actinidia）是重要的野生遗传资源，猕猴桃因其富含维生素及矿物质而被称为“水果之王”，全球年贸易额超百亿美元；栽培品种主要来源于中华猕猴桃和美味猕猴桃。猕猴桃属植物自然分布以中国为中心，南起赤道，北至寒温带的亚洲东部地区。猕猴桃属植物倍性复杂，拥有从二倍体到八倍体的广泛变异，甚至发现十倍体野生种，多倍化事件在猕猴桃物种的形成过程中具有重要的作用。二倍体中华猕猴桃基因组已组装了三个版本，然而多倍体猕猴桃基因组仍然是空白，这一方面是由于多倍体基因组组装的复杂性，特别是同源多倍体，另一方面是由于猕猴桃染色体数目太多 (2n=6x=174）。

近日，中国环境科学研究院生态所刘勇波研究员课题组在国际主流植物学期刊The Plant Journal发表了题为Chromosome-level genome of putative autohexaploid Actinidia deliciosa provides insights into polyploidisation and evolution的研究论文。研究人员对六倍体美味猕猴桃进行了CCS测序，获得了高质量的同源六倍体猕猴桃的基因组组装，目前是首个同源六倍体基因组。研究结果揭示了美味猕猴桃的多倍体进化与环境适应机制，为猕猴桃生物学的基因组基础研究提供了遗传蓝图，揭示了同源多倍体的进化。

该研究成功组装了同源六倍体野生猕猴桃的复杂基因组，基因组大小为3.91Gb，注释了240 905个基因。研究结果表明美味猕猴桃起源于中华猕猴桃，厘清了野生六倍体猕猴桃经历了四次全基因组加倍事件，近期发生（3.6百万年）的全基因组加倍事件形成了野生六倍体猕猴桃，一些适应环境变化（如抗冷基因）的基因家族发生了扩张，是多倍体猕猴桃物种形成的基础，也是多倍体植物适应全球气候变化的基础。

该研究解析了植物通过数次多倍化事件进化形成多倍体植物的机制，以及形成多倍体植物后适应全球气候变化的分子机制，解释了“植物如何响应气候变化的分子基础”，为应对全球气候变化、保护野生种质资源提供理论依据，为生态进化基因组学开辟了新的研究范式。

中国环境科学研究院刘勇波研究员为第一和通讯作者，美国佛罗里达大学Douglas E. Soltis为共同通讯作者。中国农科院蔬菜花卉研究所程峰研究员和杨印庆博士，中山大学周仁超教授，武汉植物园王彦昌研究员，中国农科院深圳基因组研究所张兴坦研究员，中国环境科学研究院周熠、肖能文研究员、全占军研究员和李俊生研究员等对本研究予以了积极帮助和贡献。该研究得到了生态环境部生物多样性调查与评估项目的资助。

论文链接：

https://doi.org/10.1111/tpj.16592