在研究LPS的活性时，多以LPS水溶液为对象，而LPS的水溶性受多种因素的影响。归纳起来，主要有以下因素:

  1. 分子中的亲水性多糖及疏水性类脂A的比例

S-LPS分子中含有较多的亲水性多糖成分，故其水溶性较高。相反R-LPS的水溶性较低。对于R-LPS分子而言，其水浴性又取决于核心多糖中KDO及单糖的数量，随着二者数量的减少其水溶性也相应降低。

  1. 提取方法的差异

提取方法的不同可导致LPS水溶性的差异。酸抽提的LPS由于部分α-糖苷键被酸裂解，富含疏水性较强的Lipid A，因此其水溶性低于酚法提取的同种LPS。

  1. LPS分子中的磷酸及羧基的数目

LPS的水溶性随着分子中的磷酸及羧基数目的减少而减小。

  1. 其他因素

溶媒中的二价阳离子、表面活性剂、温度等因素都对LPS的水溶性产生影响。