导致琅威理离开北洋水师的“撤旗事件”中，林泰曾和刘步蟾联手对琅威理发难的原因，历来有着不同的说法：

有些人认为是琅威理僭越在先，林泰曾、刘步蟾都曾经留学英国，对于英国海军礼节颇为熟悉，看不惯他作为一个顾问而非舰队指挥官，因为虚荣心作怪擅自使用提督军衔和将旗的做法。只是丁汝昌脾气好，一直没有出言反对，林刘二人作为下级也不好说什么，这才等到了丁汝昌离队以后，趁机把事情挑开。

这种说法并非没有根据，自1661年查理二世与约克公爵决定选拔贵族子弟，将他们培养为职业海军军官起，英国海军贵族化趋势就日益明显，这其中一个后果就是造成海军中等级森严，不仅军官和士兵之间必须恪守相应的礼仪，就是军官和军官之间，上下级之间也有严格的规定。

琅威理没有正式任命就使用提督军衔和将旗的做法，在英国海军中属于严重违反军纪，也难怪英国皇家海军中国舰队司令哈密敦海军中将见到琅威理使用提督将旗和身穿海军上将军服时，就极为不满，甚至给国内打电报要求明确琅威理的地位了。

而有些人则是认为琅威理在北洋水师军中管理严格，对于官兵要求都很严格。而且他的脾气也比较暴躁，遇到问题毫不客气。

加上北洋水师军官中，以福建人居多，琅威理曾经多次在李鸿章面前批评各舰高级军官大多由福建人控制，有结党之嫌，还导致军纪松散。这让中很多人对他极为不满，而林泰曾和刘步蟾又是闽系军官的首领人物，这才找机会故意发难，以驱逐琅威理。

海军之建也，琅威理督操綦严，军官多闽人，颇恶之。右翼总兵刘步蟾与有违言，不相能，乃以计逐琅威理。

这两个说法都有一定根据，又缺乏实际证据支持，具体哪种说法属实，已经难以考证。当然，也有可能是两种因素的共同作用下，才促使林泰曾和刘步蟾挑起“撤旗事件”，逼走了琅威理。