在《西游记》中，菩提祖师和如来佛祖被描绘为西游世界中的高人，拥有强大的法力。然而，关于菩提祖师和如来佛祖谁更厉害的问题，可以通过孙悟空与二者的交往和战斗来进行深入的讨论。

首先，孙悟空曾在灵台方寸山拜菩提祖师为师。在七年的学习中，孙悟空通过磨砺耐性学到了七十二般变化和筋斗云这两项神技。然而，在一次使用变化技能后，菩提祖师却怒不可遏，将孙悟空赶下山，并断绝了与他的关系。这使得孙悟空只掌握了菩提祖师法力的一点皮毛，未能得到更深层次的传承。

后来，孙悟空单凭自己的力量成功闯上天庭，引起了如来佛祖的干预。如来佛祖施展深厚的法力，将孙悟空压在五行山下。尽管如来佛祖使用了一些诡计，但也展示了他强大的法力。这场战斗表明如来佛祖的功力在菩提祖师之上。

在对比二者的身份地位上，菩提祖师被称为"天外仙宗"，意味着他不属于道教或佛教，而是独立于三界之外，是个不受三界约束的仙人宗师。这彰显了他的卓越身份和高位。相比之下，如来佛祖虽然是佛教的创始者，但只是灵山的管辖者，相当于一方领地的统治者。在身份地位上，菩提祖师明显占据优势。

因此，综合考虑菩提祖师和如来佛祖的战斗表现以及身份地位，可以得出结论：菩提祖师在法力和身份上都更为强大，因此更厉害。他的"天外仙宗"身份地位和超越三界的自由，使他成为西游世界中的独特存在，远超过如来佛祖在灵山的领地。这样的深入分析有助于理解《西游记》中不同角色之间的关系和力量对比。