元明清天妃宫遗址博物馆位于天津市河东区大直沽中路51号，2000年9月建立元明清天妃宫遗址博物馆，于2002年5月1日正式对外开放。元明清天妃宫遗址博物馆是展示古代建筑基址、妈祖崇拜现象及其文化形成的原因和过程，浓缩天津城市形成与发展的遗址类博物馆。元朝海运的兴盛，促使了中国北方地区第一座妈祖庙——大直沽天妃灵慈宫（公元1281～1284）的诞生，它比建于明代永乐2年（1404年）的天津卫城早100多年，与福建眉州妈祖庙、台湾北港朝天宫并称为中国三大妈祖庙。

元明清天妃宫遗址博物馆陈列由四个部分组成：第一部分“浩瀚的海洋”，讲述了中国古代先民对于海洋的认识和利用；第二部分“神气的妈祖”，讲述了妈祖崇拜的产生、演变和流传；第三部分“海与河的城市”，讲述了天津古代城市的形成、发展和海洋的关系；第四部分“永恒的遗址”，讲述了大直沽天妃宫的历史及遗址的考古发掘。博物馆前的广场矗立一通柱式雕像，通柱象征桅杆，自下向上雕刻着代表元、明、清三个时期不同的海洋图案。柱的顶端即是妈祖像，双手轻捧在胸前，双目远眺，盼望远航的人们平安归来。

2006年被公布为全国重点文物保护单位、天津市爱国主义教育基地，2009年5月1日，元明清天妃宫遗址博物馆经过自评申报，省级文物行政部门评估，全国博物馆评估委员会专家审核备案，国家文物局决定被评为首批国家二级博物馆。2023年7月，“踏访历史的印迹——天妃宫遗址保护利用”入选2022全国文化遗产旅游百强案例