新中国成立后，纪登奎主要在河南工作，担任了许昌地委副书记、商丘地委书记以及河南省革委会副主任等职务。上世纪六七十年代，纪登奎是风云全国的人物，尤其是1969年九大期间，他作为革命干部代表登台发言，在他发言之前，主席专门向参会代表介绍了纪登奎，并称呼纪登奎为自己的“老朋友”。
九大之后，纪登奎被调到中央工作，并担任了北京军区第二政委等职务，实际主持北京军区的政治工作。“十大”之后，纪登奎越发受到重用，参与了一系列重大历史事件，并在其中发挥了至关重要的作用。
值得一提的是，上世纪五十年代中期，我国实行了工资定级标准，尤其是1956年发布了《关于工资改革的决定》，全国的工资标准划为24级，其中最高的一级标准为月工资594元。副总理的工资标准是四级，每月425元工资。不过，三年困难时期，主席带头减少工资，当时三级降12%，四级降10%，五级降8%……在这种背景下，纪登奎担任副总理时，每月工资不到400元。
虽然纪登奎的工资不低，但一大家子，再加上房租以及伙食费等，每月支出并不少，依然需要精打细算过日子。说到纪登奎的房租，也是好事多磨。纪登奎刚到北京时，他每月的工资200多元，但每月的房租就要150元，吃饭还要上交伙食费，虽然纪登奎的妻子也有工资，但北京的物价也高，对纪登奎一家来说，这样的房租几乎不能承受。
纪登奎的妻子对此十分不满，反映了这个问题，相关部门考虑到实际情况，便把纪登奎的房租改为了每月30元。即便如此，纪登奎一家在北京过得依然不够宽裕，一大家子的吃喝不是小数目，而且纪登奎开会时，不管是喝茶还是咖啡，都需要单独付钱。早起开门七件事，样样都离不开钱。
1975年1月，四届人大会议期间，纪登奎当选为副总理，成为副国级干部，领取行政四级的工资。1978年，十一届三中全会之后，纪登奎逐渐失势，基本上不再参与日常工作。1980年2月，在十一届五中全会期间，纪登奎辞去了自己的领导职务。
下台之后，纪登奎主要对自己过去的工作经历进行了反思，并把反思的内容写成报告，交给中央。当时纪登奎的年龄并不大，他也一直想着反思完毕后重新恢复工作，期间耀邦曾专门找过纪登奎谈话，询问纪登奎是否愿意回河南。纪登奎拒绝后，便被安排到“九号院”工作，主要从事农村与农业问题的研究。
纪登奎第一次出现在“九号院”是1982年12月31日的见面会上，1983年，纪登奎正式调到“九号院”工作。不过，纪登奎比较自由，他到“九号院”工作，更多的是参加“九号院”的组织生活以及一些会议，或者搞一些调查研究工作。
在“九号院”期间，纪登奎享受正部级待遇，不过，他的工资却是每月375元，数额不低。1988年7月13日，纪登奎因心脏病去世，享年65岁。纪登奎去世后，“九号院”为他办理了后事，同时，纪登奎的家属也从相关部门领取了纪登奎的抚恤金，数额是纪登奎十个月的工资，一共3750元。
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