实验室环境空气消毒，各种密闭舱体内部消毒，如生物安全柜、隔离器、传递仓、摇床、培育箱消毒。
传统的实验室消毒灭菌方式包括：
1、臭氧杀菌
臭氧是一种强氧化剂，杀菌过程是一种氧化反应。采用臭氧杀菌，杀菌彻底，无残留，可杀死细菌和孢子、病毒、真菌、霉菌，并破坏肉毒毒素。臭氧是一种气体，可以迅速扩散到整个杀菌空间，杀菌无死角。臭氧消毒空气必须在密闭无人的空间内进行。消毒后30分钟后允许进入。因为臭氧比空气密度大，所以臭氧发生器需要安装在无菌室的顶部。无菌室内灭菌时间为30分钟，要求空间内臭氧浓度不低于20mg/m3。
2、紫外线照射
紫外线灭菌是一种物理灭菌方法，是利用适当波长的紫外线破坏微生物细胞内的DNA或RNA结构，导致生长细胞死亡，从而达到杀菌的效果，这也是微生物检验无菌室中很常见的一种杀菌方法。紫外线杀菌方法简单、使用方便、经济，可杀灭多种微生物，包括细菌、病毒、真菌、立克次体和支原体。但紫外线只能杀死直接暴露的微生物，对于死角或无法暴露的物体无效。
3、化学熏蒸
化学熏蒸是一种非常传统的空间杀菌方法，其目的是用挥发性化学物质的蒸汽杀灭空间微生物，常用的有甲醛、戊二醛、过氧化氢、过氧乙酸等。
以常用的甲醛
熏蒸为例。甲醛熏蒸，又称甲醛高锰酸钾熏蒸，是在高锰酸钾溶液中加入40％的甲醛溶液。两者反应释放大量热量，使甲醛蒸发到空间中，从而使无菌室消毒。
甲醛熏蒸的杀菌效果比较理想的，对霉菌等难以清除的污染细菌也有很好的杀菌效果，不少制药企业会经常使用。但随着人们环保安全消毒概念的提升，越来越意识到甲醛所带来的危害。甲醛是一种高度致癌的化学物质，对人体的危害很大，在使用过程中要特别注意，残留量要严格控制，每次熏蒸后至少要通风24小时。
以上是传统常规的实验室消毒灭菌方式，长期使用一种灭菌方式若是灭菌达不到理想的效果时，可以根据实际情况更换灭菌方式，或者引进一种新的灭菌方式两者结合，以达到无菌实验室最佳灭菌效果。
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