现在有很多人批评黄海海战前，丁汝昌没有指定代理旗舰，结果导致海战中旗舰“定远”的信号旗被日军炮火打坏以后，北洋水师失去指挥，没法及时应变。因此黄海海战北洋水师之败，和丁汝昌的失职有很大关系。

不过这种指责显然没搞清楚一点，那就是在北洋水师内部按照《北洋水师章程》的规定，各舰管带有着严格的排名顺序：丁汝昌之下是左翼总兵兼管中营事、“镇远”铁甲舰管带林泰曾，接着是右翼总兵兼管中营事、“定远”铁甲舰管带刘步蟾，之后分别是中军中营副将、“致远”管带邓世昌，中军左营副将、“济远”管带方伯谦，中军右营副将、“靖远”管带叶祖珪，左翼左营副将、“经远”管带林永升，右翼左营副将、“来远”管带邱宝仁等等。

实战中，如果第一指挥官因故无法指挥战斗，那么后续指挥官自然接管最高指挥权。比如说黄海海战后期，因受伤暂时退出战斗进行抢修的“靖远”、“来远”、“平远”等舰修复工作初步完成以后，此时在场职位最高的“靖远”管带叶祖珪就在桅杆上挂出将旗召集各舰，“平远”、“广丙”、“福龙”、“左一”纷纷赶来集中，一起重返战场。

当然，这个顺序偶尔也会有一些特例。像黄海海战中丁汝昌受伤以后，虽然按照职位，应该是“镇远”管带林泰曾接管指挥权。但是由于“定远”管带刘步蟾能力强，平时经常辅佐丁汝昌处理日常事务，因此在军中威望比林泰曾更高。黄海海战前，就是刘步蟾制定作战战略、队形，加上丁汝昌战时坐镇“定远”，“定远”是整个舰队的旗舰，所以丁汝昌受伤以后，是由刘步蟾接管舰队指挥权，而不是林泰曾。

但是不管怎么说，北洋水师内部有约定成俗的指挥序列，根本不需要额外另行指定代理指挥舰，丁汝昌并没有失职之处。

有人可能也会问，那“定远”信号旗受损以后，为什么“镇远”没有接管指挥权，接替指挥呢。其实这其中原因也很简单，旗语系统本身存在很多问题：传递的信息非常有限、容易误解，战时硝烟弥漫难以观察，而且容易受损，因此早期海战中，往往战前制定大致方略以后，海战中各舰大多是按照部署跟着旗舰相应机动即可，极少再以旗语下达新的指令。北洋水师在战前就有相应规定各舰每两艘组成一个小队共同跟着旗舰机动。

在这种情况下，只要旗舰还能作战机动，就没有真正失去指挥，其他各舰不可能随意接管指挥权，以免引起混乱。更何况根据参战官兵回忆，实战中“镇远”等舰的信号旗也大多被炮火摧毁，也难以接替指挥。因此也不能怪到丁汝昌的头上。