在此前的深化党和国家机构改革中，为统一行使全民所有自然资源资产所有者职责，统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责，着力解决自然资源所有者不到位、空间规划重叠等问题，中央将国土资源部的职责、国家发展和改革委员会的组织编制主体功能区规划职责、住房和城乡建设部的城乡规划管理职责、水利部的水资源调查和确权登记管理职责、农业部的草原资源调查和确权登记管理职责、国家林业局的森林/湿地等资源调查和确权登记管理职责、国家海洋局的职责、国家测绘地理信息局的职责进行了整合，新组建了自然资源部，作为国务院组成部门。同时，自然资源部对外保留国家海洋局牌子。

根据官方公布的资料显示，自然资源部的主要职责是对自然资源开发利用和保护进行监管，建立空间规划体系并监督实施，履行全民所有各类自然资源资产所有者职责，统一调查和确权登记，建立自然资源有偿使用制度，负责测绘和地质勘查行业管理等等。

在内设机构方面，自然资源部设有办公厅、综合司、法规司、自然资源调查监测司、自然资源确权登记局、自然资源所有者权益司、自然资源开发利用司、国土空间规划局、国土空间用途管制司、国土空间生态修复司、耕地保护监督司、地质勘查管理司、矿业权管理司、矿产资源保护监督司、海洋战略规划与经济司、海域海岛管理司、海洋预警监测司、国土测绘司、地理信息管理司、国家自然资源总督察办公室以及执法局、科技发展司、国际合作司(海洋权益司)、财务与资金运用司、人事司、机关党委和离退休干部局。

另有国家自然资源督察北京局、国家自然资源督察沈阳局、国家自然资源督察上海局、国家自然资源督察南京局、国家自然资源督察济南局、国家自然资源督察广州局、国家自然资源督察武汉局、国家自然资源督察成都局、国家自然资源督察西安局、陕西测绘地理信息局、黑龙江测绘地理信息局、四川测绘地理信息局、海南测绘地理信息局、自然资源部北海局、自然资源部东海局、自然资源部南海局。

尤为值得一提的是，目前自然资源部还下辖着国家林业和草原局、中国地质调查局两个副部级单位。其中，国家林业和草原局是由自然资源部管理的副部级国家局，主要负责贯彻落实党中央关于林业和草原工作的方针政策和决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对林业和草原工作的集中统一领导；而中国地质调查局为自然资源部直属的副部级事业单位，根据国家国土资源调查规划，负责统一部署和组织实施国家基础性、公益性、战略性地质和矿产勘查工作，为国民经济和社会发展提供地质基础信息资料，并向社会提供公益性服务。