北京交通大学作为交通大学的三个源头之一，历史渊源可追溯到1896年，前身是清政府创办的铁路管理传习所，是中国第一所专门培养管理人才的高等学校，是中国近代铁路管理、电信教育的发祥地。1917年改组为铁路管理学校和邮电学校，1921年与上海工业专门学校、唐山工业专门学校合并组建交通大学。1923年交通大学改组后，学校更名为北京交通大学。
2000年以来北京交通大学历任校长如下：
谈振辉 1998年12月—2008年3月
谈振辉，男，汉族，1944年2月出生，工学博士学位，北京交通大学教授，博士生导师，无线通信专家。
曾任北京交通大学校长。
宁 滨 2008.3—2019.5
宁滨（1959年5月1日-2019年6月14日），男，汉族，出生于山西稷山，中共党员，控制系统工程（轨道交通运行控制）专家，中国工程院院士，北京交通大学教授、博士生导师，北京交通大学原校长，IEEE Fellow（2013年当选）。
1982年1月宁滨从北方交通大学毕业，获学士学位；1987年从北方交通大学硕士毕业后留校任教；先后担任北方交通大学通控系讲师、副教授、教授、博士生导师；1997年12月起担任北方交通大学副校长；2004年10月起担任北京交通大学常务副校长；2008年3月至2019年5月担任北京交通大学校长、党委副书记。2017年当选为中国工程院院士。
宁滨的主要研究领域为中国国轨道交通列车运行控制系统（包括地铁、普速铁路和高铁列控系统）。
王稼琼 2019.5—2022.12
王稼琼，男，山西大同人，1964年5月生，1987年6月入党，1987年6月参加工作，北方交通大学运输经济专业博士研究生毕业，教授。
现任北京交通大学党委书记。
余祖俊 2022.12至今
余祖俊，男，汉族，1968年10月出生于湖北当阳，1993年12月加入中国共产党，1994年4月参加工作，工学博士，教授，交通运输工程学科载运工具运用工程方向博士生导师。
现任北京交通大学校长、党委副书记。
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