最早的希特勒近卫师只是一支规模不大的部队，称为“阿道夫·希特勒旗队”，曾参与占领苏台德地区、合并奥地利及入侵捷克斯洛伐克等行动，而它的第一次战斗却则是在1939年的波兰战役。战役中，随着南方集团军群一路打到华沙城下。战役胜利后，1940年3月，旗队在德国本土休整得到了新型的四号坦克，完全实现了摩托化。参加了荷兰、法兰西、敦刻尔克等战役，一直开进到西班牙边界。为了准备即将到来的“海狮计划”，旗队刻苦训练两栖作战。1941年3月，旗队参加入侵南斯拉夫和希腊的行动，是德国第一个攻入南斯拉夫的部队。穿过南斯拉夫及保加利亚，攻入希腊，俘虏了大批的希腊部队。

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战役后，旗队升格为武装党卫队机械化步兵师，跟随南部集团军群参加“巴巴罗萨行动”突袭苏联。1941年11月，该师一度突入苏联西南部重镇罗斯托夫市区。1942年夏，返回德国重组为装甲掷弹师（装备两个装甲掷弹兵团），驻扎于法国。1943年，重返东线参加了哈尔科夫争夺战，伤亡4500人。1943年７月5日，在曼斯坦因指挥下开始在库尔斯克会战中的作战，最终以德军失败而告终。近卫师被调往意大利，后又重返东线，因为损失过大，撤到法国休整。

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1944年3月，近卫师被升格为武装党卫队装甲师。6月，盟军在诺曼底登陆，该师从比利时紧急开赴法国卡昂参战，在法莱斯口袋遭受了重大损失。1944年12月，希特勒近卫师参加了阿登反击战，后又转战到匈牙利的“冬季春醒”，3月中旬，进攻失败，让希特勒大失所望。５月７日，在得知柏林已投降的消息时，希特勒近卫师只剩下1千多人，根据上级的命令，破坏了所有装备后，官兵们烧掉身上的制服，往西逃亡以远离伺机报复的苏军向美军投降，从此希特勒近卫师再也不存在了。