关于日本民族的形成一直以来流传着徐福东渡的传说，然而实际上在徐福东渡之前日本列岛上早已繁衍着大大小小的部族，那么日本民众究竟是如何形成的呢？
大约在1万年前左右地壳运动海平面上升导致现在的日本岛屿从亚洲大陆分离出去，孤悬于海外。而这时候日本的第一个文明时期出现，即“绳文文化”，因为这个时期出土的陶罐上有绳纹而得名。所谓的绳文文化其实就是新石器时代原始人狩猎、采集的时期。绳文时代始于公元前12000年，于公元前300年正式结束，这一时期日本列岛上的各部族由旧石器时代进入新石器时代。
绳文时代结束之后日本便进入了600年的弥生时代（公元前300-公元250年），也正是在弥生时代日本的人种发生了很大的变化：大量身材较高、面部白净修长的人种出现了，他们跟亚洲大陆的中国人和朝鲜人比较相似。而日本新石器绳文时代的人种却身材粗壮矮小，长着一张大饼脸，这更像现在北海道非常稀少的阿伊努人。实际上日本最早的原住民就是那些大饼脸、身材矮小的阿伊努人，大和民族成为日本主体民族后称阿伊努人为虾夷人，那么大和族是如何取代阿伊努成为日本列岛的主体民族的呢？
首先可以确定的是：日本民族最早的祖先必然是来自亚洲大陆，除非日本这个弹丸小岛能支撑起一个独立民族的起源。考古学界目前大致确定的是：目前日本主体民族大和族的祖先早在公元前的某个时间就开始了向日本的持续且不断增长的移民迁徙。公元五世纪大和民族统一日本。移民大抵是黄皮肤的蒙古人种，主要由在日本弥生代时期中国淮河下游及长江下游地区的汉族移民，融合先前来自西伯利亚及中国东北的通古斯人、南洋群岛的马来人、中南半岛的印支人及古代朝鲜人而成。他们沿着朝鲜半岛而下，渡过海峡，登上了这个位于东亚尽头、曙光总是第一抹生起却是火山密布的列岛。
1979年日本大阪教育大学人类学名誉教授鸟越宪三郎最早发表新说“日本人的发源地在中国云南省”。1984年2月23日致力于社会人类文化研究的鸟越宪教授对外宣布：“对被认为是从云南南下的泰国山岳地带(泰国北部)的少数民族进行了实地考察，结果发现了所有婴儿的臀部有胎斑”。鸟越宪教授就这一发现又强调：“日本人在体质上所具有的胎斑渊源是云南，这是一个旁证，证实这个地区是日本人的发源地。”
此后日本学者们的推论又由“倭人起源于云南”进一步演绎为“倭人的祖先为云南的少数民族”，其范围与核心基本圈定为彝族、哈尼族、傣族等多种说法：持“彝族说”的理由是鸟越宪三郎、佐佐木高明和渡部忠世等专家到云南考察后发现石林等地撒尼人(彝支系)的“火把节”，类似日本的“盂兰盆节”——即在日本的纪伊半岛同一天也举行“火把节”，而在日本南部纪伊半岛的神户、京都、大阪、奈良、和歌山等地，正是中国传统文化在日本表现最为集中的地方。持“哈尼族说”的理由是有日本人惊奇地发现：中国云南的哈尼族与日本大和民族的信仰都具有相似的“万物有灵”观念，特别是在诸神中大和族最有权威的“天照大神”和哈尼族的“阿匹梅烟”都为女性，亦同是太阳神；日本崇拜“谷神”并奉樱花为国花，哈尼族也崇拜“谷神”并视樱桃树、樱桃花为神花。“傣族说”的看法仍出于鸟越宪、佐佐木和渡部等位学者——对于被认为是从云南南下的泰国山岳地带的少数民族，他们曾经进行了实地考察，结果发现在所有婴儿的臀部都有胎斑，同时也在西双版纳傣族中发现了胎斑。所谓“胎斑”是指在婴儿臀部及腰、背和肩等各部分皮肤出现的青色斑纹。原因是在皮肤真皮上有黑色素细胞，它随着年龄的增长逐渐消失。日本人恰有这一人种胎斑的类似性，而且在西日本九州、本州有许多人的血型是A型，这一点也与云南和泰国内地相同。
不过主张倭人起源于云南的观念只是目前比较有权威的观念之一，事实上绝大多数考古学家公认的观点是：日本大和族是一个各族混合的“杂种”民族——除了来自云南的少数民族之外，来自中国东北和朝鲜半岛的游牧渔猎部族，来自马来群岛的马来部族先后到达日本群岛并逐渐繁衍融合。中原汉族也曾大量迁徙到日本——早在徐福东渡之前的春秋战国时代吴、越、楚等国的百姓就曾沿着早期的海上丝绸之路泛舟出海，其中不乏东渡日本者。而在中国史书中下落不明的徐福是否到达了日本是谁也说不清的。秦汉大一统帝国构建后依然有不少中华先民进入日本，其中有的甚至自称是秦始皇、汉高祖的后人。
可正如上文所说：日本最早的原住居民是北海道的阿伊努族，这个民族曾广泛分布于整个日本群岛，那为何如今的阿伊努族在日本却成为一个少数民族，而后来的大和族反倒成了主体民族？阿伊努人或翻译成爱努人、爱奴人、阿衣奴人，曾广泛居住在整个日本群岛、库页岛和俄罗斯远东地区，如今基本只分布于北海道和库页岛。阿伊努人的外貌与大和族人截然不同：他们眉突出，发稠密，眼圆而深陷，睫毛长而分歧，鼻垂直，脸和全身多毛，明显具有欧罗巴人种的特征。
很多中文文献直接用日本历史上曾经出现过的一个民族“虾夷人”来称呼阿伊努人，认为这两者是同一个民族，而这种观点可能是有问题的：古代日本称北海道地区为虾夷地，所以日本大和朝廷称当时居住在北海道和本州岛东北部的不服大和朝廷管辖的部族为虾夷族。实际上本州岛东北部的虾夷族在风俗和生活习惯上和今天阿伊努人差别不是很大，但在大和朝廷的持续打压下这些人陆续加入大和民族的行列，只剩今天北海道的阿伊努人还较多保留着本民族的传统。
当日本大和朝廷派出遣唐使全民效法学习中华文化时也正是大和朝廷全力打压虾夷民族之时：公元658年4月阿倍比罗夫将军率舰船一百八十余艘向今天的秋田、能代一带进攻，后又推进到渡岛附近（北海道东南段）。次年3月阿倍比罗夫进攻桧山，占领大片土地，同时设立地方政府、建立军事基地，以备虾夷人反击。这场战争是大和朝廷一度将版图扩张到北海道，虾夷人的生存空间被大和族大量侵占挤压，逐渐由遍布日本各地转变成一个少数民族。
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