为什么即使采用多种处理方法，制药废水仍然难以达标排放？制药废水具有明显的特点：污染物浓度高，有机污染物种类多，成分复杂，BOD和CODcr比值低且波动大。这些特点使得处理制药废水具有很高的难度，一些制药企业为了达到排放标准不得不花费高额费用，而另一些企业则未能有效解决高浓度废水问题，导致出水不达标。
处理制药废水的方法包括物化法（如混凝法）、生化法（如厌氧生物法和好氧生物法）和化学法（如高级氧化法和微电解）。根据制药废水的特点和许多案例，单一处理方法难以使出水达标排放，因此必须采用多种方法联合处理，即分质分流预处理+调节+厌氧+好氧+深度处理。
预处理是处理制药废水的首要步骤。制药废水的水量间歇且波动大，不同废水的浓度高低不一，因此需要根据废水情况设立收集池，如高浓度、高盐分、低浓度和清下水等。收集池内需安装液位自动控制装置，以便随时将废水输送至预处理设施或调节池进行配水。池容以24小时的接纳量为宜，并做好防腐防渗处理。
高浓度废水的预处理可采用“铁碳微电解+芬顿氧化法”。微电解利用原电池微型电解反应，将有机污染物开环断链成小分子，便于后续的芬顿氧化，节省氧化费用，且联合使用效果更佳，脱色效果也较好。芬顿试剂能够强化微电解工艺的氧化还原、絮凝吸附、催化氧化、电沉积及共沉积等作用，实现大分子有机污染物的断链，进一步去除难降解有机物，达到降低废水有机物含量，提高生化性的预处理目的。
厌氧生物处理和好氧生物处理不仅能够应对多种废水情况，还能相互补充。好氧生物处理在浓度较高的情况下需要稀释和更长的曝气时间，而厌氧生物处理虽然能够承受高浓度进水，但操作管理复杂，出水COD较高，难以达标排放。此外，制药废水还可能含有氨氮、总磷等污染物，需要采用多种微生物进行有效去除。
除了预处理和生化处理，深度处理也是必不可少的，以确保制药废水达到排放标准或回用标准，完成对制药废水的净化。
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