1570年，海瑞被破格提拔，任命为应天（今南京）巡抚，管辖明朝最为富庶的江南鱼米之乡。

这一年，海瑞已经五十七岁了，按理说已经到了颐养养天年的年纪了，但海瑞仍跟打了鸡血一样，风风火火的上任了。不过，让人啼笑皆非的是，在听到海瑞要来主政应天时，许多地方官都慌了神，要么请调外地，要么主动告老还乡，连乌纱帽都不想要了；与此同时，一些地方乡绅、豪门望族也纷纷一改往日奢靡作风，纷纷低头做人、低调做事，有的人把自己的朱漆大门刷成黑漆，以免过于鲜亮，有的人把八抬大轿改成两人小轿，不出风头……

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本着这种认知，当嘉靖皇帝不理朝政，专事设坛祈福时，海瑞毫不犹豫地上了一份《治安疏》，这本奏章，文辞之犀利，号称史无前例，它把嘉靖皇帝骂的体无完肤，不仅否定了皇帝所做的一切，甚至还由外到里，认为嘉靖皇帝为人性格也不行，连为人夫及人父的责任都没尽到，堪称十足的社会败类。此言一出，嘉靖气得半死，海瑞却坦然处之，连遗书、棺材都准备好了，随时准备慷慨赴死。

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从拼死上疏这件事来看，海瑞的轴、执拗的确无人可敌。连后来的万历皇帝也认为海瑞“词多迂憨”，精神可嘉，但不能担任要职，只能作为道德模范，好好供奉着。

但海瑞真是如此吗？其实也不尽然，海瑞只是明朝制度本该培养出来的人，即按照明朝遵奉儒家，崇尚四书治国的理念来看，海瑞就是典范，况且他也有灵活之处——

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海瑞的名气很大，至今在海口仍有他的故居，从为人表里如一这一点来说，海瑞的确值得钦佩。