来源：好本子、丁香学术

5 月 21 日，大连医科大学马骁驰、王超、中国科学院上海药物研究所果德安及北京林业大学 Francis Martin 共同通讯（大连医科大学为第一单位）在 Cell 在线发表研究，这项研究是迄今最大的人类肠道真菌研究！作者通过大规模人类肠道真菌培养测序，建立了培养肠道真菌（CGF）参考基因组目录，揭示了人类肠道真菌多样性及其在常见疾病中的潜在作用，显著扩展了现有肠道真菌基因组资源，为肠道真菌组研究提供了重要的参考数据。

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主要内容

  • 肠道真菌目录的创建：作者从 135 名健康中国人粪便样本中培养出 12453 株真菌，并进行全基因组测序，创建了一个包含 760 个基因组的培养肠道真菌 (CGFs) 目录，这些基因组是从健康个体的粪便中获得的。这个目录涵盖了 48 个科和 206 个物种，其中包括 69 个之前在现有数据库中没有基因组信息的未识别物种。

  • 基因组资源的扩展：CGF 目录显著增加了肠道真菌物种和蛋白质家族的基因组资源，分别增加了 4 倍和 2 倍。

  • 核心功能的表征：研究者对 CGF 基因组的核心功能进行了表征，并量化了不同 CGF 物种的体外初级代谢产物的生产。

  • 肠道真菌组的分析：利用 CGF 目录和公开可用的与人类相关的真菌 (PHF) 基因组资源，研究者对中国人群的 6000 多个粪便宏基因组和非中国人群的 5000 多个粪便宏基因组进行了肠道真菌组的分析。

  • 疾病相关性的探索：这项工作允许研究人员详细探索肠道真菌组的多样性和结构特征与各种疾病的关系。识别了与疾病共享和特定疾病的肠道真菌特征，并通过动物实验进一步阐明了它们与炎症性肠病 (IBD) 的关联。

  • 对人类健康的影响：研究提供了新的见解，强调了人类肠道真菌组的生物学意义，并有望激发该领域未来的实验研究。

参考文献

Yan Q, et al. A genomic compendium of cultivated human gut fungi characterizes the gut mycobiome and its relevance to common diseases. Cell. 2024 May 14:S0092-8674(24)00469-0.