番茄不仅是世界第一大蔬菜作物，也是研究果实成熟的经典模式植物。同为有限生长型番茄，矮化品种Micro-Tom和大果番茄现代栽培品种M82在研究中被广泛应用。此前已公布的Micro-Tom和M82基因组在染色体水平gap较多、连续性差，极大影响了后续基因功能研究。因此，测序并组装更高质量的Micro-Tom和M82基因组对于提高番茄育种效率和品质改良具有重要意义。

近日， 华东师范大学生命科学学院姜伊娜教授团队在Journal of Genetics and Genomics在线发表题为“Near-complete de novo genome assemblies of tomato (Solanum lycopersicum) determinate cultivars Micro-Tom and M82”的研究论文。该研究采用PacBio测序技术，结合Hi-C建库技术与HiFiasm组装算法，成功获得了在连续性、完整性及准确性等方面质量得到进一步提高的染色体级别番茄基因组，为番茄发育及抗性关键功能基因挖掘、重要农艺形状分子标记开发和应用奠定了基础。

该研究通过对测序得到的25个超长contig进行组装获得了仅含2个gap的Micro-Tom番茄基因组(Microtom_ECNU1.0)，对27个contig进行组装获得了仅含13个gap的M82番茄基因组(M82_ECNU1.0)。同时，在多器官组织转录组学数据支持下，大幅提高了番茄中复杂结构域蛋白、组织特异性蛋白注释的准确性。例如对于植物特有的ABCG转运蛋白，确定 了Micro-Tom番茄基因组含有63个ABCG转运蛋白家族编码基因。

番茄Micro-Tom和M82基因组组装及ABCG转运蛋白家族基因鉴定

综上所述，该研究通过组装更高质量的Micro-Tom和M82番茄基因组，为未来更好地开发番茄新资源和新基因克隆等工作奠定了坚实基础。

作者简介

华东师范大学生命科学学院王双双副研究员和博士研究生卢磊为该论文共同第一作者，姜伊娜教授为通讯作者。相关工作得到上海科技兴农重点攻关项目、国家自然科学基金项目资助。

论文链接：

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1673852724001449