转录组测序是生物医学研究的重要工具，已广泛应用于基因结构、转录本剪接、基因表达水平、非编码区域功能的研究和未知转录本发现等。随着基于转录组的生物标志物发现不断推进，转录组测序在临床诊疗中展现出广阔的应用前景。

在生物医学研究中，由于在检测不同疾病亚型或疾病不同分期时，需要极高的灵敏度以有效区分具有微小表达差异的不同样本，这对转录组测序技术的准确性提出了更高要求。因此，目前迫切需要进一步研究转录组测序对临床相关的较小差异表达的检测能力，积极探寻提升检测准确性的方法，进而促进转录组测序在临床的深入应用。

2024年7月22日，北京医院临床检验中心张瑞研究员和李金明研究员团队，联合复旦大学石乐明教授和郑媛婷副教授团队在《Nature Communications》（影响因子：14.7，Q1区）在线发表了题为“A Real-World Multi-Center RNA-seq Benchmarking Study Using the Quartet and MAQC Reference Materials”（中文译名：基于Quartet和MAQC参考物质的多中心转录组测序标准化研究）的研究论文。该研究揭示了决定转录组测序方法准确性的关键环节，并深入探究了不同实验设计和数据分析流程对结果的影响。

本项研究由北京医院临床检验中心牵头，与复旦大学合作完成。共同通讯作者为北京医院临床检验中心张瑞研究员和李金明研究员、复旦大学郑媛婷副教授和石乐明教授，共同第一作者为北京医院临床检验中心博士研究生王铎和复旦大学助理研究员刘雅晴。

该研究以Quartet RNA国家一级标准物质（GBW09904-9907）、国际广泛应用的MAQC和ERCC参考物质为基础，在45个实验室间开展标准化研究。研究发现，（1）在检测样本间较小的差异表达时，转录组测序数据质量和差异表达分析准确性更差，且实验操作的质量严重影响转录组测序结果准确性，从而揭示了转录组测序湿试验和干实验全流程质量控制的必要性。（2）基于26种实验流程以及由不同基因注释类型、序列比对软件、基因定量软件和差异表达分析软件组建而成的140种转录组数据分析流程，采用方差主成分分析发现，mRNA富集方法、链特异性以及生信分析流程中基因表达量归一化、基因定量、基因注释和序列比对是实验室间结果差异的主要来源。（3）基于多维度的参考数据集，明确了不同mRNA富集方法、文库链特异性类型、测序深度、文库试剂盒种类、测序平台和读长等对基因表达和差异表达基因检测的影响，强调了低表达基因过滤策略的重要性，提出了过滤阈值的设定方法以及生物信息学分析工具选择的建议。

原文网址：

https://doi.org/10.1038/s41467-024-50420-y

撰稿：临床检验中心 王铎

审校：临床检验中心 马洁 张瑞

科研处 张鹏俊

宣传处 孔竞 吴一楠

主编：孔竞 监制：杜元太

编辑制作：宣传处 吴一楠