在《庆余年》剧中，人人都要杀肖恩的原因是多方面的，这主要涉及到个人恩怨、国家利益以及秘密的保守等复杂因素。以下是对这些原因的具体分析：

一、个人恩怨

肖恩与陈萍萍的恩怨：肖恩曾被陈萍萍活捉并关押了二十年，期间遭受了非人的折磨，这导致肖恩对陈萍萍充满了仇恨。 而陈萍萍之所以没有直接杀死肖恩，是因为他需要从肖恩口中得知关于神庙的秘密。这种长期的敌对关系使得肖恩成为了陈萍萍等人的眼中钉。

其他个人或势力的恩怨：在剧中，除了陈萍萍之外，还有其他人物或势力与肖恩有恩怨。例如，庆帝可能因为肖恩的威胁而想要除掉他；而上杉虎的义父身份也使得他在肖恩被囚禁期间一直试图营救，这进一步加剧了肖恩的处境。

二、国家利益

肖恩的威胁：肖恩作为北齐的秘密情报负责人，他的存在对南庆来说是一个巨大的威胁。他掌握了许多关于北齐的情报和秘密，这些秘密一旦泄露，将对南庆的北伐计划造成重大打击。 因此，从国家利益出发，南庆方面自然希望肖恩能够永远消失。

北齐的立场：对于北齐来说，肖恩虽然曾是其重要的情报负责人，但他在被囚禁期间已经失去了利用价值。而且，他的存在还可能引发南庆的进一步打压和报复。因此，北齐方面在权衡利弊后，也可能选择放弃肖恩以换取其他利益。

三、秘密的保守

神庙的秘密：肖恩是唯一一个曾经亲眼见过神庙的人，并且他知道神庙的一些秘密。这些秘密对于整个大陆来说都具有极其重要的价值，一旦泄露出去，将引发一系列的连锁反应。因此，无论是南庆还是北齐，甚至是其他势力，都希望能够保守这个秘密。而肖恩作为唯一知道这个秘密的人，自然成为了各方势力追杀的目标。

总而言之，，人人都要杀肖恩的原因是多方面的，包括个人恩怨、国家利益以及秘密的保守等。这些因素相互交织在一起，使得肖恩的处境异常艰难。最终，肖恩在范闲的护送下回到了北齐，但在途中遭到了多方的追杀和阻挠。尽管他最终成功逃脱了囚禁并告知了范闲关于神庙的秘密以及自己的身世之谜，但他也因心脉被断而命不久矣。