企业在取得不合规发票时，应采取以下措施进行处理：

1. 不得作为税前扣除凭证：企业取得的不合规发票，如私自印制、伪造、变造、作废、开票方非法取得、虚开、填写不规范等，不得作为税前扣除的凭证 。

2. 要求补开或换开：如果企业应当取得而未取得发票，或取得的是不合规发票，且支出真实且已实际发生，应在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开或换开发票，以符合规定的发票作为税前扣除凭证 。

3. 税务机关检查后的补救措施：如果在汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应取得而未取得发票或取得不合规发票，并告知企业，企业应自被告知之日起60日内补开或换开符合规定的发票。如果因对方特殊原因无法补开或换开，企业应提供可以证实其支出真实性的相关资料 。

4. 追补扣除：对于以前年度的支出，如果因未取得合规凭证而没有税前扣除，在今年取得了符合条件的凭证，相应支出可以追补至该支出发生年度扣除，追补扣除年限不得超过五年 。

5. 证实支出真实性的资料：如果因对方特殊原因无法补开或换开发票，企业可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：

- 无法补开、换开发票原因的证明资料（如工商注销、机构撤销等证明资料）

- 相关业务活动的合同或协议

- 采用非现金方式支付的付款凭证

- 货物运输的证明资料

- 货物入库、出库内部凭证

- 企业会计核算记录以及其他资料

其中，前三项为必备资料 。

6. 特殊情况下的处理：对于因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票的情况，企业应按照相关规定提供相关资料以证实支出的真实性 。