1939年11月,经李宗仁的强力推荐,国民政府任命李品仙为安徽省政府主席,兼任鄂豫皖边区游击队总司令,以及第21集团军总司令,走马上任之后,他立即和CC系合流一起,开始布置反共计划,在军事上,李品仙大力排除异己,下令取消安徽人民抗日自卫军的番号,并立即撤销和新四军彭雪枫部在淮北合作抗日的皖北第12联防指挥官余亚农的职务,并下令桂系正规军进攻余部。

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与此同时,李品仙积极调动兵力,向东进攻新四军张云逸和罗炳辉的部队,向西进攻豫鄂边区新四军李先念部,意图制造更大的摩擦,李品仙公然撕毁之前和叶挺达成的谈判协议,下令部队占领无为县,切断新四军与皖南军部的联系,在无为县,李品仙无理扣押从皖南送往江北的新四军军饷7万以及奉命前去皖东地区工作的干部20多人。

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经过叶挺和项英以及张云逸多次向蒋介石交涉抗议,李品仙虽然释放了张云逸的妻子和孩子外,其余人员一概被害,除此之外,他还指挥所部4千多人,向驻守在无为的新四军江北游击队发起猛烈的进攻,江北支队终因寡不敌众伤亡惨重。

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为了打击李品仙的嚣张“反共”气焰,毛泽东于1940年5月5日,致电刘少奇、项英和陈毅,毛泽东在电报中说道:“李品仙的反动如果不加以打击,他是不会回头的,命令李先念和张云逸部对李品仙制造的摩擦果断反击”,最后,经过新四军各部的有力反击,李品仙无奈之下只能被迫签订以淮南铁路为界的停战协议。

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1949年12月,李品仙逃往台北,到了台北后,蒋介石并没有对其委以重任,仅仅挂了个战略顾问的闲职,之后以“现役届满”为由被迫退休,此后的日子里,李品仙终日里游走在自己开辟的农庄,种植各种蔬菜维持生计,1967年,李品仙因年老体弱多病,他便将在香港九龙地区的鱼塘、房屋变卖,之后又将台北的农庄转让出去,然后在台北市内购置一间房屋,遮风挡雨,籍度晚年,终日无人问津,1987年3月23日,在台北去世,终年98岁。