1984年
8月，城厢区人民检察院成立。
1987年
12月，设立税务检察室。
1990年
8月，设立城郊乡检察室。
1992年
11月，设立派驻莆田市工商行政管理局城厢分局检察室。
1994年
4月，设立民事行政检察科。9月，设立派驻城南乡检察室。
1995年
7月，设立地方税务检察室。11月，撤销派驻工商检察室。
1996年
3月，设立荔城街道检察室。4月，设立派驻凤凰山街道检察室。
1997年
8月，撤销税务检察室。9月，设立派驻莆田市看守所检察室。
1998年
4月，经城厢区委批准，城厢区院内设机构核定为11个：办公室、政工科、审查批捕科、审查起诉科、反贪污贿赂局、法纪检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科（与举报中心、刑事赔偿工作办公室一个机构三块牌子）、研究室、检察技术科、监察室（与纪检组合署办公），对城厢区院已设立的乡（街道）检察室，暂不作调整。
1998年
7月，撤销辖区内两乡两办检察室。
2002年
11月，经城厢区委批准，城厢区院内设机构核定为办公室、政治处、侦查监督科、公诉科、反贪污贿赂局、渎职侵权检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科（与举报中心、刑事赔偿工作办公室一个机构三块牌子）、监察科（与纪检组合署办公）9个内设机构。
2004年
9月，设立法律政策研究室，同时挂“检察委员会秘书处”、“人民监督员办公室”和“检务督察办公室”的牌子。
2005年
10月，设立司法警察大队。
2008年
2月，设立职务犯罪预防科。
2010年
9月，设立未成年人刑事案件公诉科。
2012年
12月，城厢区院设有办公室、政治处、侦查监督科、公诉科、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、民事行政检察科、控告申诉检察科（与举报中心、刑事赔偿工作办公室一个机构三块牌子）、法律政策研究室、职务犯罪预防科、监察科（与纪检组合署办公）、司法警察大队、未成年人刑事案件公诉科13个内设机构。
2014年
3月，成立案件管理科，未成年人刑事案件公诉科改名为未成年人刑事检察科。
2017年
9月，民事行政检察科更名为民事行政生态资源检察科。12月，区纪委驻区检察院纪检组统一规范称为“派驻纪检监察组”。
2018年
12月，撤销反贪污贿赂局、反渎职侵权局、职务犯罪预防科3个内设机构。
2019年
9月，内设机构调整为办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、综合业务部以及直属机构司法警察大队。
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