根据《基金会管理条例》的规定，国务院民政部门和省、自治区、直辖市人民政府民政部门是基金会的登记管理机关。

其中，国务院民政部门负责下列基金会、基金会代表机构的登记管理工作：

(一)全国性公募基金会；

(二)拟由非内地居民担任法定代表人的基金会；

(三)原始基金超过2000万元，发起人向国务院民政部门提出设立申请的非公募基金会；以及，

(四)境外基金会在中国内地设立的代表机构。地方性公募基金会和不属于前款规定情况的非公募基金会的登记管理工作则由相关省、自治区、直辖市人民政府民政部门负责。

尽管从《慈善法》第10条规定的字面含义理解，基金会举办人可向县级民政部门申请登记，但经向北京、上海的民政部门咨询得知，目前基金会的登记机关仍以《基金会管理条例》为准，基金会的设立及慈善组织的认定须向省级民政部门申请。不过，近年来，为了更好地激活和推进民间慈善力量的发展，有些地方政府已逐步将非公募基金会的登记权限下放给已获授权的地级以上市的民政部门。因此，在操作具体个案时，应当提前和相关民政部门进行确认。

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