为扼杀创建不久的井冈山革命根据地，在1928年7月至1929年2月间，蒋介石先后组织湘赣两省敌军三次“会剿”井冈山。不过万余的朱毛红军，在井冈山根据地初创的三年里，度过了历史上最困难的时期。注意，这三次反“会剿”和“五次反围剿”不是一码事。“五次反围剿”针对的是后来蒋介石对中央苏区的围剿。

第一次反会剿
1928年6月底，湘赣两省国民党军约定7月7日对井冈山革命根据地发动第一次会剿。
7月4日，湘军吴尚的第8军提前出动，进占宁冈砻市和新城，并向永新进犯。红4军军委决定：由毛泽东率第3l团在永新地区相机打击由新城进占永新之敌；朱德陈毅等率第28、第29两团进攻酃县、茶陵，威胁敌军后方，以调动进占永新之敌回援，然后集中力量打击即将来犯之赣敌。7月13日，红4军第28、29两团攻克酃县，湘军闻讯撤回茶陵。鉴于湘军回撤，军部决定返回永新。不料，第29团官兵（主要是湘南起义的农军）在省委特派员杜修经鼓动下向湘南冒进。朱德等未能制止住，只好带28团追随而去。
湘军撤回湖南后，赣军又大举进占永新。毛泽东指挥第31团和永新数万革命群众，以四方游击的方式，昼夜袭扰，围困敌军。当赣军听说红军主力已去了湘南，便大举反攻。第31团主动撤出战斗。不久，赣军内部发生了冲突，大部撤走，只留下5个团，退守永新城内。至此，第一次“会剿”基本破产。
（冒进湘南的红军遭到了重大损失，红29团基本溃散，余部不过百人。红28团也损失不小。）
8月23日，红4军主力返回井冈山。

第二次反会剿
1928年7月下旬，湘赣国民党军乘红四军主力在湘南未归之际，对井冈山根据地发起第二次"会剿"。
8月29日，湘军第八军的3个团由酃县出发，在赣军一部的策应下，向井冈山五大哨口之一的黄洋界哨口发起进攻。留守井冈山的红四军第三十一团团长朱云卿、党代表何挺颖率领两个连的兵力，依托黄洋界的有利地形和预设阵地，利用敌军大部队无法展开的弱点，英勇抗击敌人。战至午后，我军以一发迫击炮弹，轰击敌指挥部，引爆敌弹药库。敌军误以为红四军主力返回井冈山，立即停止进攻，并于当夜撤出酃县。毛泽东听后，兴奋不已，挥笔写下《西江月•井冈山》，来称颂这次战斗。
黄洋界战斗的胜利，为红4军主力回师井冈山，打破国民党军第二次"会剿"创造了条件。8月23日，毛泽东率部与朱德、陈毅率领的第二十八团在桂东会合，并协力击退了湘军第三师的进攻。9月8日，红四军主力回到井冈山南麓的黄坳。
11月2日，驻泰和的敌赣军第二十一旅2个团和赣州独立第七师联合进犯遂川。红四军采取避强击弱的战法，主动撤出遂川，转而对新城之敌第十四旅第二十七团发起进攻。红军10月10日进占永新城。敌军慌忙调第三十五旅一部向永新城反扑。红四军主动撤出永新城。至此，井冈山第二次反"会剿"胜利结束。

第三次反会剿
1929年1月14日，红4军主力向赣南挺进，以开拓新的根据地。留下刚来井冈山不久的彭德怀的红五军一部和王佐的农军守卫井岗。
得知这一情况，湖南军阀何健于是派已经进至遂川、桂东的第一、第五路军和驻赣州的1个旅，对主力红军进行尾追、堵截；派第二、第三、第四路军共万余人，分别由永新、莲花、酃县、茶陵等地向井冈山地区步步进逼。
彭德怀等根据敌我力量悬殊的情况，决定以主力扼守黄洋界、八面山、朱砂冲、桐木岭、双马石等五大哨口，依托天险抗击国民党军的进攻。战至30日，黄洋界、八面山等阵地相继失守。红军腹背受敌，弹药、给养不济。为保存军力，彭德怀等按原定应急方案，率主力撤离井冈山，转往赣南，欲与主力红军汇合。少数红军和赤卫队在王佐带领下，转入深山坚持斗争。井冈山第一次失守。
不久，敌军主力撤退，毛泽东派彭德怀率兵将井冈山收复。

附1，《西江月.井冈山》
1928年9月 毛泽东
山下旌旗在望 ，山头鼓角相闻。敌军围困万千重，我自岿然不动。
早已森严壁垒，更加众志成城。 黄洋界上炮声隆，报道敌军宵遁。

附2，井冈山二次失守原因
1930年2月，因为袁文才、王佐被误杀（至于袁、王为何被误杀，原因比较复杂: 既有共产国际“要消灭起义土匪”的大气候，也有土籍与客籍矛盾较深原因，还有偶然事件），其手下叛共投敌，井冈山再度失守。直至1949年，解放军才将大小五井收复。至于当年红军为何不去收复，主要有两方面: 一是不好收，二是形势变了，没必要再收。