最近博士师姐准备开题,做课题组大课题下面的一个分支,这时陈旧样本就成了「香饽饽」,它们对于预实验来说是宝贵的资源。不过这些样本可能因为时间久远而 RNA 降解。博士师姐犯了难,在组会上诉苦。(文末有惊喜哦)

师姐

冰箱里遗留的样本,都放 3 年了,我提的几次 RNA,浓度都特别低,没办法做预实验,新造模的话,时间又来不及。

小导师

3 年算啥,放 10 年的样本照样能做实验!今天分享一下我的实验笔记,教大家如何从这些陈旧样本中提取高质量的 RNA 和 DNA。

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三类常见陈旧样本,如何提核酸?

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这几种样本中,建议大家还是优先选择提取 FFPE 样本。虽然在提取过程中也会面临一些挑战,但它们相比组织、血清样本,具有以下特殊优势:

● 能够长期保存,适合历史样本研究

● 组织结构保存较好,适合病理分析

再推荐一个适配「老样本」的好东西,BayBioInvent T24 全自动核酸提取纯化仪,能够完全实现「FFPE 样本进,核酸出」的稳定结果,现在还有免费试用活动。

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它一次性可最多提取 24 份样本,适用于血液、血清、血浆、体液、组织、细胞、病毒、细菌的 DNA 或 RNA 提取。

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如何进一步提高 FFPE 样本

核酸提取效率?

师姐

谢谢小导,我也想把希望放在 FFPE 样本上。不过我发现,FFPE 核酸提取的难点还挺多,我简单整理了一些。

FFPE(福尔马林固定、石蜡包埋)核酸提取的难点主要体现在以下几个方面:

一、DNA 降解

固定和包埋过程中的降解:在 FFPE 样本的制备过程中,组织经福尔马林固定、石蜡包埋时很容易引起 DNA 的降解。长期的储存也会导致核酸进一步降解。

脱蜡过程中的降解:在将 FFPE 样本中的组织进行脱蜡分离时使用的脱蜡试剂,也会导致核酸再次降解。同时,脱蜡步骤若处理不当,如脱蜡不完全或脱蜡剂残留,都可能对后续实验产生干扰。

二、样本处理复杂性

组织消化不彻底:FFPE 样本中的组织经过固定和包埋后,其结构变得较为坚韧,消化过程变得复杂,容易影响 DNA 的得率。

样本损失:脱蜡过程需要多次洗涤,这可能导致样品损失,尤其是对于稀少或珍贵的样本而言,这是一个需要特别关注的问题。

三、技术挑战

核酸片段化:由于 FFPE 样本中的 DNA 经常受到严重的片段化,这增加了提取高质量核酸的难度。

化学修饰:FFPE 样本中的 DNA 分子会彼此交联,并与 RNA 和蛋白分子交联,这些交联必须断裂,才能释放出 DNA 用于后续纯化。同时,化学修饰的 DNA 不能在纯化过程中高效回收,而且在 PCR 或其他酶学分析中可能表现不佳。

四、质量控制

纯度要求:提取的核酸必须达到一定的纯度,以满足后续实验的要求。然而,FFPE 样本中的杂质较多,如石蜡、蛋白质等,这些都可能干扰核酸的提取和纯化过程。

浓度要求:提取的核酸浓度必须适中,过高或过低的浓度都可能影响后续实验的结果。

针对这些难点,研究人员已经开发了一系列优化方法和技术,如使用优化的核酸提取试剂盒、改进脱蜡方法、优化蛋白酶 K 消化条件等,以提高 FFPE 样本中核酸的提取效率和质量。同时,严格的质量控制措施也是确保提取成功和后续实验结果准确性的关键。

师姐

面对以上问题,如果只靠优化的核酸提取试剂盒,改进脱蜡方法、优化蛋白酶 K 消化条件等操作,比较复杂,很难优化结果。

整理得很好,但其实不用这么费劲操作这些繁琐的步骤,都交给这个广州湾区生物的BayBioInvent T24 全自动核酸提取纯化仪就行了。

小导师

选对仪器和存好样本一样重要

BayBioInvent T24 全自动核酸提取纯化仪利用磁珠法提取的通量优势,结合专利性的创新移液操作技术,最高可处理 1.2 mL 样本体积的核酸提取。一次性可最多提取 24 份样本,适用于各种样本的 DNA 或 RNA 提取。点此免费试用具体来说:

1

提升实验效率,1 次实验 = 常规 3 次

● 大体积样本处理:T24 能够处理大体积样本,最高可达 1.2 mL,这一特点使其在处理大规模或高需求样本时具有显著优势。

● 高通量样本提取:配套相应的试剂盒,T24 一次性可最多提取 24 份样本,大大提高了实验效率和样本处理能力。

2

磁珠法提取,高纯度防污染

● 磁珠法提取:T24 采用磁珠法提取核酸,该技术以其高纯度和高回收率而闻名,能够确保提取的核酸质量满足后续分子生物学实验的需求。

● 创新移液操作:结合最先进的枪头移液技术,T24 在移液过程中表现出极高的精确性和稳定性,减少了人为误差和交叉污染的风险。

3

自动化操作,解放双手与科研精力

● 全程自动化:从样本加载到核酸提取、纯化、收集的全流程均实现自动化,无需人工干预,极大地解放了科研工作者的双手,提高了工作效率。

● 智能控制:通过 10.1 寸触摸屏进行操作,界面友好,易于上手。仪器内置多个程序,可新建、删除、编辑模式程序,无需人为优化和编程,配套程序免费升级。

4

数据稳定可靠,不再用喷酒精啦

污染控制:内置紫外消毒模块(UV 灯),有效减少实验过程中的污染风险。不用再到处喷酒精。

高一致性:仪器在提取过程中表现出良好的一致性和稳定性,确保每次实验结果的可靠性和重复性。

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内容策划:沈佳钰

内容审核:吴军

题图来源:图虫创意